A. 总公司与分公司之间合同纠纷
问题描述不清。总公司与分公司之间的合同对第三人是没有效力的，总分之间的关系，相当于家长和不慢16岁孩子的关系。如果想妥善保护总公司利益，应慎重选择分公司经理，并完善相关监督制度。
B. 和分公司发生纠纷可以告总公司吗
和分公司发生纠纷一般可以告总公司。分公司不具有法人资格，其民事责任由总公司承担。虽然依法设立并领取营业执照的分公司可以作为民事诉讼的主体，但当事人可以直接以承担民事责任的总公司为被告提起诉讼。
【法律依据】
《最高人民法院关于适用的解释》第五十三条法人非依法设立的分支机构，或者虽依法设立，但没有领取营业执照的分支机构，以设立该分支机构的法人为当事人。《中华人民共和国公司法》第十四条公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
C. 同一个公司下的两个分公司之间发生经济纠纷可以互相起诉吗
分公司的责任是由总公司承担的，分公司不具备独立的法人资格。自己起诉自己，不行的。
D. 和分公司发生经济纠纷，可以起诉总公司吗
不可以，分公司具有独立的法人资格，依法独立承担责任。
《公司法》第十三条 公司可以设立分公司，分公司不具有企业法人资格，其民事责任由公司承担。
公司可以设立子公司，子公司具有企业法人资格，依法独立承担民事责任。
E. 和分公司发生经济纠纷，可以起诉总公司吗
可以，但是不需要，如果跟子公司发生经济纠纷，一般不一同起诉母公司。子公司具有独立的法人资格，依法独立承担责任。
法律依据：
《公司法》
第十四条 公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
(5)分公司和总公司之间的纠纷扩展阅读：
经济纠纷的解决方式：诉讼
一、经济诉讼概述
（一）经济诉讼的概念和任务
经济诉讼是指人民法院在经济纠纷当事人和其他诉讼参与人的参加下，审理和解决经济纠纷案件的诉讼活动，以及由此而产生的诉讼法律关系的总和。
经济诉讼的任务是保护当事人行使诉讼权利，保证人民法院查明事实，分清是非，正确适用法律，及时审理经济纠纷案件，确认经济权利义务关系，制裁经济违法行为，保护当事人的合法经济权益，维护社会秩序、经济秩序，保障社会主义建设事业的顺利进行。
（二）经济诉讼的主体
1、人民法院
人民法院是国家的审判机关，在经济诉讼中，它代表国家依法行使审判权并履行相应的职责。作为案件的审判者，人民法院在经济诉讼中既是诉讼的参加者，也是诉讼的组织者和指挥者。
法律赋予人民法院审判权，使其可以依照法律规定的程序和方式进行活动，依法行使诉讼权利和履行诉讼义务。所以，人民法院在经济诉讼中处于主导地位，对经济纠纷案件的解决起着决定性作用。
2、诉讼当事人
经济诉讼的当事人，是指因经济权益发生纠纷，以自己的名义参加诉讼，受人民法院裁判拘束，与案件审理结果有直接利害关系的公民、法人和其他组织。当事人主要有原告、被告和第三人。
原告，是指因自己的经济权益受到侵害或者与他人发生经济权益争议，以自己的名义向人民法院起诉并引起诉讼程序发生的人。
被告，是指被诉称侵害了原告合法经济权益或与原告发生经济权益争议而被人民法院通知应诉的人。
第三人，是指对原告和被告争议的诉讼标的即原、被告所争议的经济实体权利，具有独立的请求权，或者虽无独立的请求权，但案件的处理结果与其有法律上的利害关系，而参加到诉讼中来的人。
第三人可分为有独立请求权的第三人和无独立请求权的第三人两种。当事人作为经济诉讼的主体，其诉讼行为对经济诉讼有重大影响。
3、诉讼代理人
诉讼代理人是指根据诉讼代理权，以被代理的当事人的名义进行经济诉讼的人。
诉讼代理人参加诉讼，是为了维护被代理的当事人的利益。诉讼代理人在代理权限范围内所为的诉讼行为，视为当事人的行为，对被代理的当事人发生法律效力。
4、其他诉讼参与人
其他诉讼参与人是指除上述人员以外其他参与诉讼活动的人。包括证人、鉴定人、勘验人、翻译人员等。它们虽以自己的名义参与诉讼，但与案件没有直接利害关系，不受人民法院裁判拘束，只是根据案件审理需要，依法履行一定诉讼义务，协助人民法院完成审判活动。
经济诉讼的基本原则
经济诉讼的基本原则，是指法律规定的在整个经济诉讼过程中起指导作用的基本准则。它是人民法院进行审判活动和经济诉讼当事人和其他诉讼参与人进行诉讼活动所必须遵守的行为准则。经济诉讼的基本原则包括诉讼共同性的原则和特有的原则。就特有原则而言，主要有：
1、当事人诉讼权利平等原则；
2、法院调解原则 ；
3、处分原则；
4、辩论原则；
5、支持起诉原则；
6、同等原则和对等原则；
7、检察监督原则。
经济案件的受案范围
经济案件的受案范围，是指哪些经济纠纷案件由人民法院受理。确定人民法院对经济案件的收案范围可以明确人民法院与仲裁机构和有关行政部门之间受理经济纠纷案件分工和权限。
依照法律规定，人民法院受理平等主体的法人之间、其他组织之间、公民之间以及他们相互之间因财产关系发生的经济权益纠纷案件。主要包括各种合同纠纷案件和经济损害赔偿纠纷案件。
F. 分公司，起诉时是起诉总公司还是分公司
分公司违约后跑了，应该起诉总公司。因为分公司不具有独立的法人资格，不能独立承担民事主体资格。
分公司是指在业务、资金、人事等方面受本公司管辖而不具有法人资格的分支机构。分公司属于总公司的分支机构，在法律上、经济上没有独立性，只是总公司的附属机构，以总公司的资产对分公司的债务承担法律责任。因此，分公司不具有法人资格，同时也不具有民事主体资格。
《公司法》第14条规定：公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
G. 分公司与总公司的诉讼地位及管辖法院
均不可以。只能在分公司所在地起诉。/正合法律所
H. 和分公司发生纠纷是否可以起诉总公司
分公司不具有企业法人资格，其民事责任由公司承担。
分公司只是总公司的分支机构，不具有法人资格，无论如何其最后的责任都是由总公司承担，既然要承担最终的法律责任，那么把总公司列为被告是必然可以的。
【法律依据】
《公司法》第十四条：公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。
分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
I. 总公司和分公司不在一个地方，怎么起诉
当事人可以在侵权地区的法院提出诉讼。
《民事诉讼法》：
第二十三条因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
第二十八条 因侵权行为提起的诉讼，由侵权行为地或者被告住所地人民法院管辖。