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银染技术是谁发明的

发布时间:2021-12-12 13:36:42

Ⅰ 聚丙烯酰胺凝胶中核酸的银染问题

是一种人工合成凝胶,是以丙烯酰胺为单位, 由甲叉双丙烯酰胺交联成的,经干燥粉碎或加工成形制成粒状,控制交联剂的用量可制成各种型号的凝胶。交联剂越多,孔隙越小。聚丙烯酰胺凝胶的商品为生物胶-P (Bio-Gel P),由日本tosoh的TSKGEL的pw系列,适合蛋白和多糖的纯化。即丙烯酰胺和少量交联剂甲叉双丙烯酰胺,在催化剂过硫酸铵作用下聚合形成凝胶。
以下为《化工词典》中的介绍:
聚丙烯酰胺;PAM;polyacrylamide
聚丙烯酰胺简称PAM、结构式为[-CH2-CH(CONH2)]n-,分子量100~ 500万。聚丙烯酰胺主要有两种商品形式,一种是粉末状的,另一种是胶体,还有聚丙烯酰胺乳液(上海合成树脂研究所研制)。易溶于冷水,速度很慢,高分子量的聚丙烯酰胺当浓度超过10%以后.就会形成凝胶状结构。提高温度可以稍微促进溶解,但温度不得超过50℃,以防发生分子降解。难溶于有机溶剂。温度超过120 ℃时分解。中性。无毒。
用作增稠剂、絮凝剂、减阻剂,具有凝胶、沉降、补强等作用。贮存于阴凉、通风、干燥的库房内,防潮、避光、防热.存放时间不宜过长。
聚丙烯酰胺凝胶电泳;polyacrylamide gel electrophoresis;PAGE
用聚丙烯酰胺为支持基质的电泳程序。一般说来,实现聚丙烯酰胺凝胶电泳有两种类型。(1)单向电泳:采用完整的蛋白质或用十二烷基磺酸钠(SDS)处理的蛋白质的单向泳动,在有凝胶的平板上平行分离(过去也有用在玻管中的圆筒形棒状凝胶进行电泳的,现已很少有人使用)。(2)双向电泳:首先用天然蛋白质进行分离,然后凝胶平板再用SDS处理,样品便在第二向得到分离。第一次分离了各种各样的蛋白质,因此第二向分离的是蛋白质亚基。主要优点是:(1)合成聚合物,故重复性良好;(2)分离能力好;(3)通过增减丙烯酰胺单体和交联剂(N,N′-亚甲基双丙烯酰胺)的浓度,可以调节凝胶的孔径大小;(4)操作简便、时间短;(5)化学性质稳定、机械性能好,柔软;(6)在酸性或碱性缓冲液中均可进行电泳,而且可加入两性电解质进行等电点电泳,可用含电解质表面活性剂(SDS)或非电解质表面活性剂(Np40、Tritonx-100等)的凝胶进行电泳,亦可使两者组合进行双向电泳等等,使用范围广泛,利用价值日益提高;(7)由于染色技术的进步,可以进行定量,也可检测出极微量的斑点(琼脂糖电泳)。
聚丙烯酰胺型絮凝剂;Magnifloc
聚丙烯酰胺(Polyscrylamide)简称PAM,分阳离子、阴离子型、非离子型,分子量从400-2000万之间,产品外观为白色粉末,易溶于水,温度超过120℃时易分解。聚丙烯酰胺是一种合成高分子絮凝剂,俗称西伯朗。属于聚合电解质。它是目前铀水冶厂浸出矿浆的固液分离过程(如逆流倾析-洗涤过程)中广泛使用的絮凝剂,目的在于改善矿浆的澄清、沉降和过滤性能。
聚丙烯酰胺;2-丙烯酰胺均聚物;絮凝剂3号;Polyacrylamide;PAM;2-Propenamide, homopolymer
分子式:[C3H5ON]n
分子量:100-500万
CAS号:9003-05-8
性质:无色或微黄色稠厚胶体。为水溶性树脂,能以任何比例溶于水。仅在冰醋酸、丙烯酸、乙二醇、甲酰胺、甘油、乳酸等少数溶剂中能溶解1%左右,几乎不溶于有机溶剂。温度超过120℃时易分解。
制备方法:丙烯腈在铜催化剂作用下水合得到丙烯酰胺,再K2S2O8作用下聚合为聚丙烯酰胺。铜铝合金经碱处理水洗后制成崔化剂,装入水合反应器中,丙烯腈原料抽至贮罐再放入计量罐中,离子交换处理后的纯水送入计量罐中,然后按比例用泵经原料预热器连续注入水合反应器,控制85-125℃进行水合反应生成丙烯酰胺水溶液,余下丙烯腈经闪蒸塔去冷凝器回收流入水计量罐循环使用,而丙烯酰胺溶液从闪蒸罐流入贮罐,用泵送至高位槽去树脂交换柱,进入贮槽配成7-8%浓度单体,送往聚合釜制成胶状体聚丙烯酰胺包装即为成品。
用途:广泛应用于石油化工、冶金、煤炭、选矿和纺织等工业部门,用作沉淀絮凝剂、油田注水增稠剂、钻井泥浆处理剂、纺织浆料、纸张增强剂、纤维改性剂、土壤改良剂、土壤稳事实上剂、纤维糊料、树脂加工剂、合成树脂涂料、粘合剂、分散剂等。

Ⅱ 端粒酶疗法发明人是谁

端粒酶疗法:是以抑制或激活端粒酶活性为手段的基因疗法。主要是用反义核酸或核(ribozyme) 技术,抑制端粒酶在抗癌方面;激活端粒酶在延缓人类体细胞衰老方面的应用。

端粒酶,又称端聚酶。端粒酶是一种自带RNA 引物的逆转录酶。生殖细胞、造血干细胞和肿瘤细胞含有较高的端粒酶活性。其活性可用聚合酶链反应(PCR) 技术扩增其酶促反应产物(即TRAP 法) ,然后辅以银染法测定之。端粒酶的存在使染色体末端得以完全复制。染色体端区(telomere) ,又称端粒。端区消失可能是人类细胞丧失复制能力的原因之一。端区是真核生物染色体末端的特殊结构。人类染色体末端普遍存在端区结构。人类染色体端区由进化上高度保守的DNA 重复序列TTAGGG组成,由端粒酶合成。

端粒酶疗法,主要是用反义核酸或核酶(ribozyme) 技术抑制端粒酶活性,诱导恶性细胞分化与凋亡;激活端粒酶在延缓人类体细胞衰老等方面各有应用价值。端粒酶疗法在医学中极为重要,目前,是国内外医学界研究热点。端粒酶疗法对肿瘤防治、诊断和延缓人类体细胞衰老等方面具有重要意义。

Ⅲ NOR银染有什么意义

有转录活性的NOR才能被银染,所以可以用AgNOR的技术来研究rRNA基因的转录活性!

Ⅳ DNA测序技术的简介

DNA测序技术,又叫基因测序技术。
人类基因组这部由A、T、G、C四个字母组成的卷帙浩繁的生命天书如同一座宝库,保藏着几千年来人们迫切想知道的秘密,DNA测序技术就好似“芝麻开门”这样的咒语,是我们打开宝库的金钥匙世界上第一个测定DNA序列的方法是由英国生化学家弗雷德里克·桑格尔发明的。自此DNA测序的速度就一直呈加速态势。2001年人类基因组草图耗资4.37亿美元,耗时13年。到了2007年,第一个完整人类基因组序列图谱的诞生只花费了150万美元,3个月就搞定。2009年1月2日,美国加州太平洋生物科学公司的科学家乔纳斯·考尔拉赫、斯蒂芬·特纳及其研究小组在《科学》杂志上发表论文称,他们将纳米技术与芯片技术相结合,发明了一种新型测序方法,速度是现有技术的3万倍。 Promega公司的SILVER SEQUENCETM DNA测序系统是一种无放射性的序列分析系统,它通过灵敏的银染方法检测凝胶中的条带。银染提供了一种对于放射性或荧光法来说更加快速,廉价的替代方法。测序结果可以在同一天内得到;电泳完成后经90分钟就可读序,这是常规的放射性测序法做不到的。 此外, SILVER SEQUENCETM系统用未修饰的5'OH寡聚核苷酸作为引物,减少了特殊修饰寡聚核苷酸的花费。该系统不需要放射性方法中对同位素的谨慎操作,也不需要荧光法或化学发光技术的昂贵试剂。另外,也不需要象大多数荧光法那样用仪器来检测序列条带。Taq DNA聚合酶在95℃时极强的热稳定性。本系统利用的测序级Taq DNA聚合酶是一种Taq DNA聚合酶的修饰产品,对于双链DNA模板有非常好的效果,具有高度的准确性,能产生均一的条带,且背景低。
SILVER SEQUENCETM系统包含被修饰的核苷酸混合物,如7-去氮dGTP(7-deaza dGTP,或dITP)替代dGTP可清除由GC丰富区域所引起的条带压缩现象。
退火温度是热循环测序中最重要的因素。高退火温度可减少模板二级结构。提高引物结合模板配对的严谨性。链重退火和模板二级结构则限制了小片断PCR产物(<500bp)得到清楚的序列数据的能力。引物延伸起始于每个循环的退火阶段。在较低温度时,聚合酶可能会遇到坚固的二级结构区域,它可导致聚合酶解离。则在四个电泳道中均有同一相对位置的条带。因为这些原因,应该使用尽可能高的退火温度。对于有牢固二级结构的模板建议使用95℃变性、70℃退火/延伸的循环模式。一般来说,较长的引物及GC含量高的引物能得到较强的信号。实验结果表明,>24mer的GC含量约为50%的引物可得到最佳结果。
由于本系统采用热循环装置, 与常规的测序方法相比具有如下几点好处:(1).本方法线性扩增模板DNA产生足够的产物使银染技术能够检测序列条带,测序反应需要0.03-- 2pmol模板DNA, 随模板种类而定。(2). 在每一个变性循环中的高温可以取代对双链DNA(dsDNA)模板的碱变性及乙醇沉淀过程,变性循环也有助于消除由于线性dsDNA模板(如PCR反应产物)快速重退火所引起的问题。(3). 高温聚合酶反应减弱了DNA模板的二级结构,允许聚合酶穿过高度二级结构化的区域。

Ⅳ 什么是SRAP标记技术其原理是什么有哪些应用领域

the optimization of Srap tec-system and the application on analysis of genetic diversity of Chinese alligator
摘 要:基于PCR的分子标记技术很多,但均因自身缺点限制了发展和应用。
abstract:There're various technologies on PRC-molecular marker,whose development are all restrained by their inherited shortage.
一种新兴的分子标记技术-相关序列扩增多态性SRAP以其特有的优点得到日益广泛的应用,显示了良好的发展前景。as it ows a sui genetic advantage,a new burgeoning molecular marker tecnologe --相关序列扩增多态性SRAP is widely applied. 此技术目前较多应用于植物材料的遗传分析,本研究将通过对技术体系各影响因素进行调整,优化反应体系,比较DNA提取方法,调整银染技术,得到很好的扩增效果。this teconology is used to applied to anlynasis the heredity of plant-material.Our research will modify the effective aspects to optimize the reaction system and modify the 同时对SRAP的原理、特点及其对浙江长兴扬子鳄种群遗传多样性的分析进行了介绍。研究结果表明,SRAP同样可以用于动物遗传多样性分析,为其保护提供分子支持。SRAP技术将成为研究领域一个有力的工具。晕 好累 干活晚点继续

Ⅵ 急求:有谁知道蛋白质电泳染色时的银染配方呀谢谢你的帮助

我的配方如下,仅供参考:
1. 固定:30min或过夜
100ml 乙醇 40% 乙醇
25ml冰醋酸 10% 冰醋酸
加水到250ml
2. 致敏:30min
300ml 乙醇 30% 乙醇
68g 乙酸钠(或112.8g 三水乙酸钠)
2g硫代硫酸钠
加水到终体积1000ml
3. 水洗:3 x 5min
4. 银染:20min
0.625g AgNO3
加水到终体积250ml
5. 水洗: 2 x 1 min (准确掌握时间,水洗时间长显色速度慢,点的颜色浅)
6. 显色:视情况而定
6.25 g Na2CO3
100 ul 37% 甲醛 (在使用前加入)
可加入 1g/L Na2S2O3 50微升以降低背景(在使用前加入)
加水到终体积250ml

Sweet silver:
硼酸 3.1克 100 mM
NaOH 3 克 150 mM
加水到终体积500 ml。
用前取sweet 225 ml加1g/L Na2S2O3 200微升,40%葡萄糖25 ml。
7. 终止:10min
7.3g EDTA.Na2.2H2O 或者2g 甘氨酸
加水到终体积500ml
8. 保存:1% 冰醋酸,4 ℃

Ⅶ 花椰菜种质资源的创新是怎样的

(一)广泛引进国外花椰菜杂交品种自交分离创新种质资源

鉴于目前国内花椰菜种质资源贫乏的现状,直接从国外引进优良一代杂种,通过自交分离、纯化,从中筛选出优良的种质资源,是最经济、有效的获得新种质的方法。目前国内花椰菜育种单位利用该方法已分离了大批新的种质资源和自交系,并利用这些种质资源选育出许多优良的花椰菜新品种,如白峰、津雪88、云山1号、丰花60、厦花6号等目前生产上推广的绝大多数品种。

(二)种内杂交创造新类型

甘蓝类蔬菜的不同亚种或变种间很容易杂交,因此可以通过种内杂交方法,创造优异的种质资源甚至创造新的物种。孙德岭等(2002)采用花椰菜(白菜花)与青花菜、花椰菜与紫花菜、紫花菜与青花菜之间杂交。其后代花球的单球重大大提高,接近于花椰菜,色泽介于父本和母本之间,而维生素C的含量接近青花菜,比花椰菜提高22%~60.6%,全糖含量比青花菜增加9.8%~33.1%(表11-1),口味甜脆,品质和口感都优于其父本和母本,通过进一步选育有望选育出新的花椰菜类型,为花椰菜家族增加新的成员。

表11-1 花椰菜新类型全糖、维生素C含量

(三)生物技术与花椰菜种质资源创新

常规育种在花椰菜种质资源创新方面起了很大的作用,但通常存在能稳定遗传的有益基因狭窄或缺乏;多数有益基因是由许多微效基因控制,且该类基因选择较困难以及基因型差异难以确定等问题。随着生物技术的发展,在传统育种工作的基础上,可以提高育种的针对性,克服常规育种中一些难于解决的问题,进一步拓宽有益种质资源的创新和利用。目前已经有越来越多的研究者注重应用生物技术进行种质资源的创新。

1.细胞工程与花椰菜种质资源创新

(1)花药培养和游离小孢子培养技术 20世纪60年代初,Guha和Maheshwari开创了花药培养诱导单倍体的方法。此后花药培养成为诱导单倍体的重要途径之一,并且在作物育种中得到应用。在花椰菜上,王怀名(1992)对嫩茎花椰菜花药和花粉培养中的胚胎发生进行了研究,观察了花药中花粉粒发育成胚状体的过程和再生植株染色体倍性。张小玲(2002)等研究认为,磁场预处理可明显提高花药培养愈伤组织的诱导率。陈国菊(2004年)以5个花椰菜品种为材料进行花药培养,获得再生植株,并得到了种子。

由于花药培养的方法不能排除再生植株来自体细胞的可能性,多年来使花药培养获得再生植株的研究进展缓慢。而采用游离小孢子培养的方法可以很好地解决这一难题,因此,游离小孢子培养的方法获得再生植株越来越受到重视。目前该技术已陆续在芸薹属的大白菜、不结球白菜、结球甘蓝、芥蓝、抱子甘蓝、羽衣甘蓝、大头菜、叶芥、芜菁甘蓝和花椰菜等蔬菜上获得成功。北京农林科学院蔬菜研究工程中心、河南农业科学院园艺研究所、天津科润蔬菜研究所等单位先后开展了花椰菜游离小孢子培养工作,初步建立了花椰菜游离小孢子培养技术体系,在一些品种中获得了花椰菜DH株系,培育出花椰菜优良新品种。

通过游离小孢子培养可快速、有效地获得DH纯系。DH株系具有稳定的遗传特性,并能从亲本获得随机排列的配子,由于游离小孢子培养能快速纯合杂合亲本,因此对由多基因控制的特异性状的筛选能一步到位,明显提高了选择几率,加快育种进程。耿建峰等(2002)利用游离小孢子培养产生的两个自交不亲和系配制出具有早熟、耐热、花球洁白、品质好和抗病性强等综合性状优良的花椰菜DH杂交种“豫雪60”,孙德岭(2002)对引进的国内外育种资源材料461份,利用游离小孢子培养和常规技术相结合进行种质资源的创新和对DH株系材料进行评价及鉴定,选育出“津品50”。

游离小孢子培养技术也被应用于芸薹属远缘及种间杂交育种中。石淑稳等(1993)分别从甘蓝型油菜与诸葛菜的属间杂种,甘蓝型油菜与白菜型油菜、甘蓝型油菜和芥菜型油菜的种间杂种获得游离小孢子胚和再生植株,为芸薹属植物远缘及种间杂交育种建立了种质资源创新的途径。

(2)原生质体融合技术 原生质体融合也称体细胞融合,是两种原生质体的杂交,它不是雌雄配子间的结合,而是具有完整遗传物质的体细胞之间的融合,它可打破种间、属间存在的性隔离和杂交不亲和性,从而广泛地聚合各种优良的基因,使变异幅度显著增大,创造新的种质资源。因而此项技术越来越受到遗传育种学家的重视。自Carlson等在1972年获得第一株烟草体细胞杂种植株以来,该技术体系不断完善和发展,在许多物种上细胞融合获得成功。20世纪80年代中期已报道有15个种内组合,38个种间组合,13个属间组合获得体细胞杂种植株,到90年代,通过体细胞杂交技术又添加了再生植株的种内杂种14个,种间杂种62个,属间杂种47个,并有2个科间组合的胞质杂种分化获得再生植株。在十字花科芸薹属中已获得融合杂种植株有:拟南芥油菜、甘蓝油菜、甘蓝+白菜型油菜、白菜型油菜+花椰菜。

原生质体融合技术与常规有性杂交的差别在于:体细胞杂交中没有减数分裂,有两个二倍体的细胞原生质体融合产生出四倍体的杂种植株,而用同样的亲本有性杂交则只产生二倍体杂种。

原生质体融合可以获得细胞质杂种,为培育细胞质雄性不育、抗除草剂等花椰菜品种提供了一条育种新途径。目前,通过有性杂交、回交转育的花椰菜细胞质雄性不育类型主要是Ogura胞质雄性不育类型和Polima胞质雄性不育类型。而利用常规育种转育年限一般需要6~11年,利用原生质体融合技术转移细胞质雄性不育基因可以克服有性回交转育所带来的年限长或杂交不亲和等问题,为花椰菜杂种优势的有效利用开辟了新的途径。惠志明(2005)进行了利用原生质体融合技术向花椰菜转移Ogura萝卜胞质雄性不育的研究,获得了花椰菜与Ogura萝卜胞质甘蓝型油菜种间体细胞杂种植株。由此可见,原生质体融合技术已经应用于花椰菜不育性的研究领域,已获得了大量的雄性不育转育植株,是一条培育雄性不育新种质行之有效的途径。

通过原生质体融合可以克服远缘杂交不亲和性,转移野生品种的抗逆性。花椰菜生产中常常遭受病虫害的威胁,而现有育种材料中存在的抗病、抗逆基因,由于长期的人工培育定向选择已日益狭窄,远不能满足进一步提高品种对病害及逆境多抗性的需要。增强对野生材料优异抗性基因的利用,是进一步创新育种基础材料的有效途径。蔬菜野生类型在长期自然选择下形成了高度的抗病性,通过与野生类型进行远缘杂交,可以大幅度提高现有品种的抗病性和抗逆性,但是远缘杂种通常表现不亲和性,严重限制了其在品种改良中的应用。利用原生质体融合技术得到的不对称杂种可以克服远缘杂交不亲和性转移野生种抗性。姚星伟(2005)利用原生质体非对称融合技术向花椰菜中转移野生种抗逆性状(供体Brassica spinescens具有光合效率高,抗白锈病、蚜虫、黑斑病和耐盐等优良特性),试验共获得17株杂种,其抗逆性在进一步鉴定中。可以看出,育种工作者越来越重视野生资源的发掘利用,生物技术中的细胞工程与分子生物学手段相结合是现阶段利用野生资源的有效途径。

利用原生质体融合技术可以转移某些品种优良品质性状,为改良花椰菜的营养品质提供新的途径。蔬菜的高产、优质一直是人们所追求的目标。P.S.Jourdan(1989)利用花椰菜与具有除草剂抗性的Brassica napus进行原生质体融合试验,获得了具有高抗除草剂特性的杂种植株。B.Navratilove等(1997)以花椰菜和抗根瘤病的Armoracia rusticana为试验材料,利用原生质体融合技术,获得了花椰菜与Armoracia rusticana体细胞杂种植株。Hu(2002)用Brassica napus和具有亚油酸和软脂酸含量高的Orychophragmus violaceus进行体细胞融合试验,通过原生质体融合试验得到的杂种植株不但亚油酸和软脂酸含量升高,而且芥子酸的含量明显下降,显著改善品种品质。

2.分子标记技术与花椰菜种质资源创新

利用易于鉴定的遗传标记辅助选择是提高选择效率和降低育种盲目性的重要手段。近20年迅速发展起来的分子标记技术给作物育种提供了新的途径。运用DNA分子标记可以进行早期选择,提高选择的准确度和育种效率,有助于缩短育种周期。

(1)利用分子标记技术筛选自交不亲和系 自交不亲和性是高等植物为实现异花授粉受精和遗传重组而形成的一种重要的遗传特性,国内外学者对自交不亲和性的遗传机制做了大量研究。据Lewis(1979)报道,已在74个科的被子植物中发现了自交不亲和性。国内利用分子标记技术筛选自交不亲和系的研究也有所报道,黄聪丽(2001)应用RAPD分析方法,得到了与花椰菜自交不亲和性相关的差异片段。宋丽娜(2005年)运用RAPD和ISSR分子标记技术,分离到鉴别自交不亲和性的连锁标记。

(2)利用分子标记技术鉴定抗病种质资源 张峰(1999)利用AFLP技术在一对花椰菜抗、感黑腐病的近等基因系中筛选到4个与抗黑腐病基因紧密连锁的标记。刘松(2002)用天津科润蔬菜研究所抗黑腐病近等位基因系C712和C731作为材料,筛选出与花椰菜抗黑腐病基因RXC连锁的RAPD标记OP224/1600,将其转化成更加稳定的SCAR标记,可快速准确筛选抗病材料。古瑜(2007年)以花椰菜抗病和感病近等基因系为实验材料,对花椰菜抗病和感病近等基因系基因组进行了ISSR分析,得到3个与抗病基因有关的分子标记ISSR11000、ISSR21500和ISSR18700,可进一步应用于分子标记辅助育种。此外,利用cDNA-AFLP技术对致病菌胁迫的花椰菜抗黑腐病系进行差异表达分析,初步得到一个与抗黑腐病相关的基因片段,并证实该片段是受诱导的与诱导系统抗性(ISR)信号传导有关的基因片段。此外,利用同源序列候选基因法和NBS profiling方法,在抗病系中得到2个抗病基因同源序列RGA330-7和NBS5-100,序列分析表明这两个片段可能与花椰菜抗黑腐病基因有关。进一步将两个RGA推测的蛋白序列与7个已知植物抗病基因的蛋白序列进行比较,构建了分子进化树。聚类结果表明,本研究得到的两个RGA片段应属于non-TIR-NBS-LRR型。最后,利用表观遗传学的分析方法,对致病菌胁迫前后基因组中胞嘧啶甲基化水平和甲基化模式的变异进行分析,从基因表达调控的角度探讨了抗黑腐病的分子机制。

(3)利用分子标记技术检测遗传变异 突变既可以发生在整个基因组,也可以发生于特定的基因或基因簇、结构基因、调节基因,以及单个核苷酸等。突变既可以自发也可以人工诱变在不用诱变剂处理的培养植物细胞中,突变体频率一般为10-5~10-8,用诱变剂处理,可增至10-3,但诱变剂常会引起育性降低等副作用。Leroy(2000,2001)等利用花椰菜下胚轴进行组织培养,用ISSR方法检测了愈伤组织形成过程、胞增殖过程以及成苗后的再生植株等各阶段的植株间多态性,认为组织培养诱导的再生植株具有遗传多态性,证明组织培养可诱发与筛选遗传变异。

(4)利用分子标记技术筛选花椰菜雄性不育种质资源 植物雄性不育是一种不能产生有活力花粉的遗传现象,在植物界中广泛存在,目前已在43科162个属320个种的617个品种或种间杂种中发现了雄性不育现象,它在作物杂种优势利用上具有重要价值。

Chunguo Wang(2006)以花椰菜雄性不育品种NKC-A和恢复系NKC-B为材料,利用引物P6+/P6-进行PCR扩增,发现了一条300bp的差异片段,此片段可以作为鉴别雄性不育系的分子标记。王春国(2005)利用同源序列的候选基因法,通过检索NCBI核酸以及蛋白数据库,获得花椰菜kndx612细胞质雄性不育相关的基因或开放读码框,初步结果显示试验所用不育花椰菜胞质亦可能为Ogura型,为进一步从分子水平研究和利用花椰菜雄性不育基因提供了条件。

(5)花椰菜遗传连锁图谱的构建及在育种中的应用 遗传连锁图谱是指以染色体重组交换率为相对长度单位,以遗传标记为主体构成的染色体线状连锁图谱,分子标记遗传连锁图表示各标记所对应的DNA片段在染色体上的相对位置,是分子标记运用于作物遗传育种的基础,构建分子标记连锁图的理论基础是染色体的交换和重组。自1986年以来,主要农作物都已建立了以RFLP为主的分子遗传图谱,分子标记连锁图,是进行基因定位、基因克隆、辅助选择进行作物设计育种的技术平台。在遗传学理论、功能基因组学以及遗传育种等领域已显示出了十分重要的作用。

Li(2001年)等利用SRAP、AFLP技术对86个羽衣甘蓝×花椰菜的RI作图,此图由130个SRAP标记和120个AFLP技术构成,这些标记非常平均地分布在9个连锁群,覆盖2165cM。古瑜(2007年)利用AFLP和NBS profiling两种方法,以花椰菜品种间杂交F2代为作图群体,构建了第一张花椰菜遗传连锁图谱。该图谱包括9个连锁群,连锁群的总长度为668.4cM,相邻标记间的平均图距为2.9cM,在所包含的234个AFLP标记和21个NBS标记中NBS标记分布于8个连锁群且在基因组中成簇排列。该图谱通过提供可能的抗性基因位点,对进一步得到抗性基因很有帮助。同时研究RGA在整个花椰菜基因组中的分布与组成,也为了解抗性基因的分布与演化提供参考。进一步可用于分子标记辅助育种。

(6)花椰菜不同花色种质资源的创新 近年来,利用基因工程技术已经获得了许多传统园艺技术难以获得的新品种,如紫色、白色以及紫白相嵌的3种不同颜色的矮牵牛花。而这些技术通常要求对相关基因有所了解,以获得目的基因的cDNA,然后将这些外源基因导入目标植物中,达到改变花色、花型等目的。Crisp等利用遗传上一致的白色花球品种和绿色品种杂交,从杂交后代遗传表现提出一种模型:Wiwi基因控制白色对黄色是显性,非独立共显性基因gr1gr2表现为绿色。Dickson报道了在埃及引进的花椰菜品种PI 183214,即便完全暴露于阳光下,花球也是纯白色的。并认为是由2或3对显性基因控制的。Singh等报道了由两对基因控制的可以遮盖住花球的叶片,以防止阳光照射引起的花球变色。李凌等(2000)对花椰菜黄花和白花的近等基因系进行了研究,筛选到了一个白花株系的特异带,通过Northern点杂交初步鉴定其为白花株系所特有,同时利用Smart cDNA-AFLP银染技术对花椰菜黄花近等基因系的mRNA进行了分析,其中2对引物的3条带在2个表达基因文库之间存在多态性,其中一条与白花品系共分离;筛选到一条白花株系的差异片段,本研究为克隆与花色相关基因奠定了基础。

3.转基因技术与花椰菜种质资源创新

转基因技术的发展对加速创新花椰菜种质资源具有重要意义。目前,已育成一大批雄性不育、抗病、抗虫、品质优良的花椰菜新品种,并产生了很大的社会和经济效益。

(1)花椰菜雄性不育种质资源创新 近年,花椰菜雄性不育研究取得了进展,已从中找出一些与不育相关的基因或者嵌合体。这对进一步阐明花椰菜雄性不育发生的分子机理,指导新不育系的培育打下了基础。Bhalla(1998)把与花粉相关的基因Bcp1整合到质粒PBI101中,通过根瘤农杆菌介导转入花椰菜子叶中,获得了50%花粉不育的花椰菜不育新种质。

(2)花椰菜抗病虫种质资源创新 在花椰菜抗病基因的克隆和转移方面也有报道,张桂华等(2001)以花椰菜栽培品种“春秋”为试验材料,在携带CaMV Bari-1基因Ⅵ的根瘤农杆菌菌种GV3101的介导下,获得了经筛选转化的花椰菜转基因幼苗,为培育抗花椰菜花叶病毒型品种提供可能。

花椰菜转基因抗虫研究中最常用的外源基因有两种:内毒素(Bt)基因和豇豆胰蛋白酶抑制剂(CpTI)基因,这两种基因已经成功转入花椰菜中,为利用转基因技术创新花椰菜种质资源提供了宝贵经验。

华学军(1992)、蔡荣旗(2000)、徐淑平(2002)、周焕斌(2003)等都利用农杆菌介导将Bt基因转入花椰菜中,成功获得了转基因植株。

CpTI基因属于Bowman-birk型丝氨酸蛋白酶抑制剂,能抑制包括鳞翅目、鞘翅目、直翅目等多种害虫中肠中胰蛋白酶的活性,具有广谱抗虫性。吕玲玲(2004)通过根瘤农杆菌介导,将豇豆胰蛋白酶抑制剂(CpTI)基因整合到花椰菜植株的基因组中,对鳞翅目虫害青虫的生长发育有一定的抑制作用。徐淑平(2002)用根癌农杆菌介导的遗传转化法将Bt基因和豇豆胰蛋白酶抑制基因(CpTI)导入花椰菜,获得了转基因花椰菜植株。Ding(1998)等利用农杆菌介导,从当地甘薯中分离得到的抗虫基因TI转入花椰菜中,结果表明,转基因植株比对照植株抗虫效果明显。

(3)与花椰菜花球性状有关的突变基因的研究进展 Bowman(1993)等首先在拟南芥中发现了花球突变体cauliflower。随后Kempin SA(1995)等从拟南芥中分离得到两个与花的分生组织活性有关的CAULIFLOWER和APETALA1基因,研究表明:其功能为转录因子。同时对花椰菜栽培种中该基因的同源基因研究发现:花椰菜中其同源基因是无功能的。这暗示了花椰菜肉质花序形态的形成机理与该基因密切相关。Purugganan(2000)等研究了野生型和栽培型花椰菜中CAL基因的多态性,发现野生型和栽培型CAL基因存在差异,栽培型花椰菜中该基因的第五个外显子有一个等位基因位点发生了突变。Lee B.Smith(2000)以BoCAL和BoAP1两个隐性等位基因在特殊位点上的分离为切入点,研究了花椰菜花球的起源和进化过程,得到花球发育的遗传模式,认为:BoCAL-a等位基因与离散花序的形态之间存在很强的相关性。以上的结果都表明:CAL基因的突变抑制花分生组织发育,这是花椰菜花球形成的遗传基础。赵升等(2003)、曹文广(2003)、李小方(2000)通过把甘蓝BoCAL基因转入花椰菜中,转基因花椰菜不能形成花球,证实外源基因BoCAL能够部分补偿花椰菜BobCAL基因功能的丧失,部分恢复花椰菜的花球表型。因此可以通过控制BoCAL基因的突变程度和基因的表达水平,调节花球的发生时间和发育速度,从而为培育结球紧实度高的花椰菜新品种提供新的途径。

在生产实际中,花球采收后,其内源激素和营养成分的变化造成内在品质逐渐降低,严重的影响产品的商品性和食用的营养价值。花球的衰老首先出现在萼片的叶绿素丧失。乙烯的合成与叶绿素的丧失以及随后的黄化成因果关系。ACC氧化酶(ACO)是乙烯合成的一个限速酶,并且ACO基因的表达调控着乙烯的生成速率。从基因上对ACO基因的表达进行调控,可延缓乙烯的生成,这已经在许多作物上获得成功。陈银华(2005年)根据亲缘关系较近的几种作物ACC氧化酶氨基酸序列,设计一对简并引物,从花椰菜基因组中获得长1202bp的候选片段,并获得花椰菜抗衰老的新材料。

Ⅷ DNA银染方法的优化

DNA银染检测方法的改进
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【英文篇名】 Improvement of DNA Silver Staining Detection
【作者中文名】 李天翊; 张运峰; 范永山;
【作者英文名】 LI Tian-yi; ZHANG Yun-feng; FAN Yong-shan(Department of Life Science; Tangshan Teachers College; Tangshan Hebei 063000; China);
【作者单位】 唐山师范学院生命科学系;
【文献出处】 唐山师范学院学报, Journal of Tangshan Teachers College, 编辑部邮箱 2009年 05期
期刊荣誉:ASPT来源刊 CJFD收录刊
【关键词】 PAGE; 银染; DNA检测; 影响因素;
【英文关键词】 PAGE; silver staining; DNA detection; influencing factors;
【摘要】 DNA的聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)银染检测技术是分子生物学实验中的一个难点。对点样量、固定时间、显色时间等因素进行了改进和优化,收到了较好的实验效果。
【英文摘要】 Silver staining for DNA polyacrylamide gel electrophoresis(PAGE) is one important but difficult technique in Molecular Biology.The influencing factors,inculding the quantity of sample application,stationary time,and imaging time,were optimized for the PAGE/silver staining technique.The good experimental results showed that the improved method was feasible and available.
【DOI】 CNKI:SUN:TSSF.0.2009-05-022

Ⅸ 急求!!DNA测序的问题

DNA测序技术
DNA sequencing technology
在分子生物学研究中,DNA的序列分析是进一步研究和改造目的基因的基础。目前用于测序的技术主要有Sanger等(1977)发明的双脱氧链末端终止法和Maxam和 Gilbert(1977)发明的化学降解法。这二种方法在原理上差异很大,但都是根据核苷酸在某一固定的点开始,随机在某一个特定的碱基处终止,产生 A,T,C,G四组不同长度的一系列核苷酸,然后在尿素变性的PAGE胶上电泳进行检测,从而获得DNA序列。目前Sanger测序法得到了广泛的应用。
Sanger 法测序的原理就是利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物。直到掺入一种链终止核苷酸为止。每一次序列测定由一套四个单独的反应构成,每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸 (dNTP),并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团,使延长的寡聚核苷酸选择性地在G、 A、T或C处终止。终止点由反应中相应的双脱氧而定。每一种dNTPs和ddNTPs的相对浓度可以调整,使反应得到一组长几百至几千碱基的链终止产物。它们具有共同的起始点,但终止在不同的的核苷酸上,可通过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不同的片段,凝胶处理后可用X- 光胶片放射自显影或非同位素标记进行检测。

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一、概述:
Promega公司的SILVER SEQUENCETM DNA测序系统是一种无放射性的序列分析系统,它通过灵敏的银染方法检测凝胶中的条带。银染提供了一种对于放射性或荧光法来说更加快速,廉价的替代方法。测序结果可以在同一天内得到;电泳完成后经90分钟就可读序,这是常规的放射性测序法做不到的。 此外, SILVER SEQUENCETM系统用未修饰的5'OH寡聚核苷酸作为引物,减少了特殊修饰寡聚核苷酸的花费。该系统不需要放射性方法中对同位素的谨慎操作,也不需要荧光法或化学发光技术的昂贵试剂。另外,也不需要象大多数荧光法那样用仪器来检测序列条带。
Taq DNA聚合酶在95℃时极强的热稳定性。本系统利用的测序级Taq DNA聚合酶是一种Taq DNA聚合酶的修饰产品,对于双链DNA模板有非常好的效果,具有高度的准确性,能产生均一的条带,且背景低。
SILVER SEQUENCETM系统包含被修饰的核苷酸混合物,如7-去氮dGTP(7-deaza dGTP,或dITP)替代dGTP可清除由GC丰富区域所引起的条带压缩现象。
退火温度是热循环测序中最重要的因素。高退火温度可减少模板二级结构。提高引物结合模板配对的严谨性。链重退火和模板二级结构则限制了小片断PCR产物(<500bp)得到清楚的序列数据的能力。引物延伸起始于每个循环的退火阶段。在较低温度时,聚合酶可能会遇到坚固的二级结构区域,它可导致聚合酶解离。则在四个电泳道中均有同一相对位置的条带。因为这些原因,应该使用尽可能高的退火温度。对于有牢固二级结构的模板建议使用95℃变性、70℃退火/延伸的循环模式。一般来说,较长的引物及GC含量高的引物能得到较强的信号。实验结果表明,>24mer的GC含量约为50%的引物可得到最佳结果。
由于本系统采用热循环装置, 与常规的测序方法相比具有如下几点好处:(1).本方法线性扩增模板DNA产生足够的产物使银染技术能够检测序列条带,测序反应需要0.03-- 2pmol模板DNA, 随模板种类而定。(2). 在每一个变性循环中的高温可以取代对双链DNA(dsDNA)模板的碱变性及乙醇沉淀过程,变性循环也有助于消除由于线性dsDNA模板(如PCR反应产物)快速重退火所引起的问题。(3). 高温聚合酶反应减弱了DNA模板的二级结构,允许聚合酶穿过高度二级结构化的区域。
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二、材料
待测已提纯的DNA,可为单链,也可为双链。
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三、设备
高压电泳仪,测序用电泳槽,制胶设备,PCR仪。
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四、试剂
(1)SILVER SEQUENCETM DNA测序试剂盒。
(2)丙烯酰胺和甲叉双丙烯酰胺储备液(38%丙烯酰胺 W/V,2%甲叉双丙烯酰胺 W/V):95g丙烯酰胺,5g甲叉双丙烯酰胺溶于140ml 双蒸水中,定容至250ml,0.45mm过滤器过滤后,贮于棕色瓶中,置于4℃冰箱可保存2周。
(3)10%过硫酸铵,0.5g过硫酸铵溶于4ml水中,定容至5ml,应新配新用。
(4)10×TBE缓冲液(1 mol/L Tris, 0.83mol/L 硼酸,10mmol/L EDTA): 121.1g Tris,51.35g硼酸,3.72g Na2 EDTA ·2H2O,溶于双蒸水中定容至1升,置于4℃下可贮存2周,其pH约为8.3。
(5)TBE电极缓冲液:10×TBE 缓冲液稀释至1×TBE备用。
(6)TEMED
(7)固定/停止溶液:10%冰醋酸(V/V)配制2升备用。
(8)染色溶液:硝酸银2克,甲醛3ml,溶于2升超纯水中备用。
(9)显影溶液:60克碳酸钠(Na2CO3)溶于2升超纯水中,使用前加3ml 37% 甲醛和 40ml硫代硫酸钠溶液(10mg/ml)。
(10)95%乙醇。
(11)0.5%冰乙酸。
(12)Sigmacote (Sigma CAT. #SL-2)。
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五、操作步骤

成功地使用银染测序系统需要对提供的操作方法进行仔细考虑。银染不如放射性检测法灵敏,而需要更多的模板量,此外,也不可能通过延长X-光胶片曝光时间的方法增加信号强度。因此,请使用推荐的DNA模板量, 每次均使用所提供的对照检查系统的可靠性,并且注意如下几点:
(1) DNA的浓度和纯度必须经过琼脂糖凝胶电泳或荧光法测定, 样品应与已知量DNA一起电泳。
(2) 分光光度法对于很多DNA提取物包括质粒小量制备来说,并不能给出一个可信的DNA浓度估计,混杂的染色体DNA、蛋白、RNA、有机物及无机化合物均可能有260 nm光吸收。因此,分光光度法常常错误地高估DNA浓度。
(3) DNA制备过程中用核糖核酸酶处理所产生核糖核苷酸,虽然它们在电泳后DNA样品的前面,并不能观察到,但它们仍会有260nm光吸收。
(一)测序反应:
1. 对于每组测序反应,标记四个0.5ml eppendorf管(G、A、T、C)。每管加入2ml适当的d/ddNTP混合物(d/ddNTP Mix)。各加入1滴(约20ml)矿物油,盖上盖子保存于冰上或4℃备用。
2. 对于每组四个测序反应,在一个eppendorf管中混合以下试剂:
(1) 样品反应:
质粒模板DNA 2.1pmol
5×测序缓冲液 5ml
引物 4.5pmol
无菌ddH2O 至终体积16ml
(2)对照反应
pGEM-3Zf(+)对照DNA(4mg) 4.0ml
5×测序缓冲液 5ml
pUC/M13正向引物(4.5pmol) 3.6ml
无菌ddH2 O 至终体积 16 ml
3. 在引物/模板混合物(以上第2步)中加入1.0ml测序级Taq DNA聚合酶(5u/ml)。用吸液器吸动几次混匀。
4. 从第3步的酶/引物/模板混合物中吸取4ml加入每一个d/ddNTP混合物的管内。
5. 在微量离心机中离心一下,使所有的溶液位于eppendorf管底部。
6. 把反应管放入预热至95℃的热循环仪,以[注意]中循环模式为基准,开始循环程序。对于每个引物/模板组合都必须选择最佳退火温度。下列程序一般能读出从引物开始350碱基的长度。
7. 热循环程序完成后,在每个小管内加入3μl DNA测序终止溶液,在微量离心机中略一旋转,终止反应。
[注意] 1、测序所用模板DNA的量一般按下面要求加入:
模板种类/长度 模板量
200bp (PCR产物) 16ng(120fmol)
3000-5000bp(超螺旋质粒DNA) 4mg (2pmol)
48000bp(λ,粘粒DNA) 1mg(31fmol)
由于超螺旋质粒产生的信号比松弛的线性双链DNA弱,因此使用超螺旋质粒作为模板时其用量要比其它模板大一些。
2、计算与4.5pmol相当的引物纳克数可用以下一般公式:
4.5pmol=1.5ng×n,其中n为引物碱基数
计算与1pmol相当的引物微克数可用以下一般公式:
dsDNA:1pmol=(6.6×10-4 mg)×n,其中n为模板碱基对数
ssDNA:1pmol=(3.3×10-4 mg)×n,其中n为模板碱基数
3、为阻止Taq DNA聚合酶延伸非特异性退火引物, 热循环仪必须预热至95℃。温度变换应越快越好。下面的循环时间不包括变温时间。如果你无法确定使用何种模式,建议从模式1开始。
模式1:适用于引物<24碱基或GC含量<50%
95℃ 2分钟。然后: 95℃ 30秒(变性), 42℃ 30秒(退火), 70℃ 1分钟(延伸)。
模式2:适用于≥24碱基或略短的GC含量≥50%的引物。
95℃ 2分钟, 然后: 95℃ 30秒(变性), 70℃ 30秒(退火/延伸)。 4. 在加入终止溶液之后样品可在4℃保存过夜。
(二)、 测序凝胶板的制备
1、玻璃板的处理:
银染测序的玻璃板一定要非常清洁,一般先用温水和去污剂洗涤,再用去离子水冲洗玻璃板,除去残留的去污剂,最后用乙醇清洗玻璃板。玻璃板上遗留的去污剂微膜可能导致凝胶染色时背景偏高(棕色)。短玻璃板经粘合溶液处理可将凝胶化学交联于玻璃板上。这一步对于在银染操作过程中防止凝胶撕裂至关重要。
(1)短玻璃板的处理
A. 在1ml 95%乙醇, 0.5%冰乙酸中加入5ml粘合硅烷(Bind Silane), 配成新鲜的粘合溶液。
B. 用经浸透新配的粘合溶液浸透的吸水棉纸擦拭仔细清洗过并已经自然干燥的玻璃板, 整个板面都必须擦拭。
C. 4-5分钟后, 用95%乙醇单向擦玻璃板, 然后略用力沿垂直方向擦拭。重复三次这一清洗过程, 每次均须换用干净的纸, 除去多余的粘合溶液。
[注意] 1. 在95%乙醇单向擦玻璃板时过度用力会带走过多的粘合硅烷, 使凝胶不能很好地粘附。
2. 准备长玻璃板之前要更换手套,防止粘染粘合硅烷。
3、防止粘合溶液沾染在长玻璃板上是很重要的, 否则将导致凝胶撕裂。
(2)、长玻璃板的处理
A. 用浸透Sigmacote溶液的棉纸擦拭清洗过的长玻璃板。
B. 5-10分钟后用吸水棉纸擦拭玻璃板以除去多余的Sigmacote溶液。
[注意] 1. 用过的凝胶可在水中浸泡后用剃须刀片或塑料刮刀刮去。玻璃板须用去污剂完全清洗。或者凝胶用10% NaOH浸泡后除去。为防止交叉污染, 用于清洗短玻璃板的工具必须与清洗长玻璃板的工具分开, 如果出现交叉污染, 以后制备的凝胶可能撕裂或变得松弛。
2、凝胶的制备:
(1)玻璃板经粘合硅胶和Sigmacote处理后,即可固定玻璃板。该方法是用0.2mm或0.4mm厚的边条置于玻璃板左右两侧,将另一块玻璃板压于其上。在长玻璃板的一侧插入鲨鱼齿梳平的一面边缘,用夹子固定住。
(2)根据所需要的凝胶浓度,按下表制备测序凝胶,一般6%-8%的胶浓度可获得较好的结果。配制过程中,先用适量双蒸水溶解尿素,再加入 Acr&Bis和10×TBE缓冲液,再用双蒸水调终体积至99.2ml,并用0.45mm的滤膜过滤,然后加过硫酸铵和TEMED。溶解尿素时不必加热。如果确需加热则应等溶液完全冷却后,方可加入TEMED和过硫酸铵。一般在胶灌制后4-6分钟,即开始聚合,如果聚合不好,则应使用高浓度的 TEMED和过硫酸铵。
凝胶终浓度
3 4 5 6 8 12 16 18
尿素(g) 42.0 42.0 42.0 42.0 42.0 42.0 42.0 42.0
Acr&Bis(ml) 7.5 10.0 12.0 14.5 20.0 30.0 40.0 50.0
10×TBE缓冲液(ml) 10.0 10.0 10.0 10.0 10.0 10.0 10.0 10.0
双蒸水(ml) 47.5 45.0 43.0 40.5 35.0 25.0 15.0 5.0
10%过硫酸铵(ml) 0.8 0.8 0.8 0.8 0.8 0.8 0.7 0.7
TEMED(ml) 87 80 80 80 80 70 47 40
(3)胶配制好后,即可灌制胶板。一般是将凝胶沿着压条边缘缓慢地倒入玻璃板的槽中,倒完后,静止放置使之聚合完全。
[注意] 1、使用夹子固定玻璃板时,最好夹子的力量稍大一些,防止因力量不足使灌胶的过程中出现漏胶液现象。
2、灌制凝胶的过程中要严防产生气泡,否则影响测序的结果。
(三)电泳:
1、预电泳
(1)当凝胶聚合完全后,拨出鲨鱼齿梳,将该梳子反过来,把有齿的一头插入凝胶中,形成加样孔。
(2)立即将胶板固定在测序凝胶槽中,一般测序凝胶槽的上下槽是分开的,因而只有在固定好凝胶板后,方能加入TBE缓冲液。
(3)稀释10×TBE缓冲液至1×TBE,将该缓冲液加入上下二个电泳槽中,去除产生的气泡,接上电源准备预电泳。
(4)有些电泳槽,如LKB的Macrophor等是使用水浴加热的,则应先将水浴加热至55℃后进行预电泳。有的不使用水浴加热,依靠电泳过程中自身产生的热进行保温,如上海求精有机玻璃仪器生产的测序电泳槽,这种槽需夹上二块散热铝板,使整个凝胶板的温度一致。
(5)按30V/cm的电压预电泳20-30分钟。预电泳的过程是去除凝胶的杂质离子,同时使凝胶板达到所需的温度。高温电泳可防止GC丰富区形成的发夹状结构,影响测序的结果。
[注意]
(1). 用鲨鱼齿梳制作加样孔时,应注意将齿尖插入胶中0.5mm左右,千万注意不能使加样孔渗漏,否则得不到正确的结果。
(2). 应时刻注意上面电泳槽中的缓冲液是否渗漏,否则极易造成短路而损坏电泳仪。
2、样品的制备:
当在预电泳时,即可进行样品的制备,将反应完毕的样品在沸水浴中加热1-3分钟,立即置于冰上即可。如果样品长时间不用,则应重新处理。可使用4- 6%聚丙烯酰胺凝胶,胶厚0.4mm。厚度小于0.4mm的胶可能导致信号太弱。加样时不必吸去上层覆盖的矿物油,但要小心地吸取矿物油下的蓝色样品。
3、上样及电泳
关闭电泳仪,用移液枪吸缓冲液清洗样品孔,去除在预电泳时扩散出来的尿素,然后立即用毛细管进样器吸取样品,加入样品孔中。上样顺序一般为G、A、 T、C。加样完毕后,立即电泳。开始可用30V/cm进行电泳,5分钟后可提高至40-60V/cm,并保持恒压状态。一般来说,一个55cm长, 0.2mm厚的凝胶板,在2500V恒压状态下电泳2小时即可走到底部,同时在电泳过程中,电流可稳定地从28mA降至25mA。为了能读到更长的序列,可采用两轮或多轮上样。
[注意]
1、上样电泳时,一定要注意凝胶板的温度是否达到55℃左右,如果还没有达到,则应等温度达到后才能上样电泳。
2、一般来说电泳时,不宜使用太高的电压,因为太高的电压会使凝胶的分辨率降低,并且使带扩散。电泳中可进行恒功率电泳。
(四)、 测序凝胶的银染
染色过程要求凝胶浸在塑料盘中。因而至少使用两个盘子,大小与玻璃板类似。在盘中加入新鲜溶液之前须用高质量的水洗涤盘子。
1. 电泳完毕后用一个塑料片子小心地分开两板,凝胶应该牢固地附着在短玻璃板上。
2. 固定凝胶:将凝胶(连玻璃板)放入塑料盘,用固定/停止溶液浸没,充分振荡20分钟或直至样品中染料完全消失,胶可在固定/停止溶液中保存过夜(不振荡)。保留固定/停止溶液,用于终止显影反应。
3. 洗胶:用超纯水振荡洗胶3次,每次2分钟。从水中取出, 当转移至下一溶液时拿着胶板边沿静止10-20秒,使水流尽。
4. 凝胶染色:把凝胶移至染色溶液充分摇动30分钟。
5. 凝胶显影:
(1). 在显影溶液中加入甲醛(3ml)和硫代硫酸钠溶液(400μl)以完成显影液的配制。
(2). 从染色溶液中取出凝胶放入装有超纯水的盘中浸洗5-10秒。注意,把凝胶从超纯水转移到显影溶液的总时间不能长于5-10秒。浸泡时间过长则导致信号微弱或丧失信号。若浸泡时间过长,可重复第五步用染色液浸泡。
(3). 立刻将凝胶转移至1升(总量的一半)预冷的显影液充分振荡直至模板带开始显现或开始出现第一批条带,把凝胶移入剩下的1升显影液中继续显影2--3分钟,或直至所有条带出现。
6. 固定凝胶:在显影液中直接加入等体积的固定/停止溶液。停止显影反应,固定凝胶。
7. 在超纯水中浸洗凝胶两次,每次2分钟,注意在本操作中戴手套拿着胶板边缘避免在胶上印上指纹。
8. 将凝胶置于室温干燥或用抽气加热法干燥。在可见光灯箱或亮白,黄色背景(如纸)上观察凝胶,若需永久保存的记录, 则可用EDF胶片保留实验结果。
[注意] 测序产物的银染是显现序列信息的一种新方法,本系统的成败受几个因素的影响。
1. 水的质量对于染色的成功极其重要。超纯水(NANOpureR 或Milli-QR 的水)或双蒸水可获得较好的效果, 如果水中有杂质, 则低分子量条带可能无法出现。
2. 碳酸钠也非常重要。使用新鲜的,美国化学学会级碳酸钠较好,如Fisher和Kodak ACS试剂级碳酸钠(Fisher Cat #S263-500或S262-3,或Kodak Cat #109-1990),一般可获得较好的结果。
3. 染色后的洗涤步骤是非常关键的。如果凝胶洗涤时间太长,银颗粒会脱离DNA, 产生很少或没有序列信号。如果洗涤时间过长,染色步骤可以重新进行。
4. 如果凝胶厚度超过0.4mm或丙烯酰胺浓度高于4-6%,则有必要延长固定和染色的时间。如果凝胶比0.4mm薄,染色反应后的洗涤必须缩短至不超过5秒。
5. 在室温下进行所有步骤,显影反应除外。显影溶液必须预冷至10-12℃以减小背景杂色。注意:临用前在显影溶液中加入甲醛和硫代硫酸钠。用新配的染色及显影溶液。不要重复使用任何溶液。

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