① 土地使用权转移地上建筑物所有权是否随之转移
按照我国《房地产管理法》的相关规定，房屋所有权转让，及对应的土地使用权也就随之转移。
换句话说，也就是房随地走，地随房走。 房屋的所有权和土地的使用权是不能分开转移的。
② 土地使用权和建筑物所有权可以分属不同公司吗
从《土地法》和有关法规的规定上，是不允许土地使用权和地上建筑物的产版权分离（即俗称的“权两证分离”）。但是在实践中，确实有两证分离的现象。最常见的情况是学校以非教学设施用地使用权出资，而地上建筑完工后的产权登记在开发商名下。
你说的这种情况能否实现两证分离取决于2个条件：
1、甲公司同意；
2、当地的国土资源政策允许。（可能是地方国土资源局文件的形式）
③ 土地使用权属不清地上建筑物拆除重建合法吗
你是自己想拆除还是别人拆呢 ？
违章建筑，是指违反法律和政策的规定，由公民或法人擅自建造的建筑物及构筑物，通常表现为擅自搭建的棚房、摊位、简易楼宇等。违章建筑即是违反国家法律法规规章的强制性规定建造的房屋。国家没有统一的定义，各地方政府则有明确的规定。一般是指未取得建设工程规划
违章建筑，是指违反法律和政策的规定，由公民或法人擅自建造的建筑物及构筑物，通常表现为擅自搭建的棚房、摊位、简易楼宇等。违章建筑即是违反国家法律法规规章的强制性规定建造的房屋。国家没有统一的定义，各地方政府则有明确的规定。一般是指未取得规划许可证或者违反建设工程规划许可证核定的相关内容建设的建筑。
如果是工作人员的失误，那就去找他们出具证明，还有你当时交易土地的人也应该清楚，叫他和你一起去问问。
一般建筑都有3证，不知道你的是属于哪一类建筑，房子的话，{房产证、契税证（契税完税证）、土地使用证或叫（准入许可证）}，差个土地使用证的话，不是多大问题，补了就是。
④ 土地使用权与房屋可否分开核算
根据《企业会计准则第38号——首次执行企业会计准则》应用指南（三）无形资产回规定：首次执答行日之前已计入在建工程和固定资产的土地使用权，符合《企业会计准则第 6 号——无形资产》的规定应当单独确认为无形资产的，首次执行日应当进行重分类，将归属于土地使用权的部分从原资产账面价值中分离，作为土地使用权的认定成本，按照《企业会计准则第 6 号——无形资产》的规定处理。
⑤ 土地使用权和房产所有权是否可分离
房产的所有权与使复用权是可制以分离的，单位的房子分给个人居住，房屋出租都是所有权与使用权分离的例子。
房屋的所有权是指对房屋全面支配的权利。《中华人民共和国民法通则》规定，房屋的所有权分为占有权、使用权、收益权和处分权四项权能，这也是房屋所有权的四项基本内容。
房屋的占有权通常由所有权人来行使，但有时也由别人来行使，这就是使用权与所有权分离的情况。例如，房屋出租，就将房屋一定时期内的占有、使用权让渡给承租人来行使。 房屋的使用权是对房屋的实际利用权力。通过一定法律契约，非房屋所有权人也可获得房屋的使用权，如房主将房屋租给他人使用。房屋的收益权是指房主收取房屋财产所产生的各种收益。例如出租房屋，房主从房客处收取租金。
房屋的处分权是所有权中一项最基本的权能。房屋的处分权由房主行使。有时房屋处分权也受到一定的限制。如房主作为债务人以住房作抵押向债权人借债，若是到期不能清偿债务，债权人可以处分房屋并优先受偿。
⑥ 广东转让土地及地上建筑物时，分开计算土地价格及地上建筑物的，应如何缴纳契税
根据《财政部国家税务总局关于土地使用权转让契税计税依据的批复》(财税【2007】162号)的有关规定：根据国家土地管理相关法律法规和《中华人民共和国契税暂行条例》及其实施细则的规定，土地使用者将土地使用权及所附建筑物、构筑物等(包括在建的房屋、其他建筑物、构筑物和其他附着物)转让给他人的，应按照转让的总价款计征契税。
⑦ 土地使用权的取得和分离应注意什么法律问题
你看一下吧，主要就是下面的规定
土地登记办法 第三十九条依法以出让、国有土地租赁、作价出资或者入股方式取得的国有建设用地使用权转让的，当事人应当持原国有土地使用证和土地权利发生转移的相关证明材料，申请国有建设用地使用权变更登记。
第四十条因依法买卖、交换、赠与地上建筑物、构筑物及其附属设施涉及建设用地使用权转移的，当事人应当持原土地权利证书、变更后的房屋所有权证书及土地使用权发生转移的相关证明材料，申请建设用地使用权变更登记。涉及划拨土地使用权转移的，当事人还应当提供有批准权人民政府的批准文件。
第四十一条因法人或者其他组织合并、分立、兼并、破产等原因致使土地使用权发生转移的，当事人应当持相关协议及有关部门的批准文件、原土地权利证书等相关证明材料，申请土地使用权变更登记。
第四十二条因处分抵押财产而取得土地使用权的，当事人应当在抵押财产处分后，持相关证明文件，申请土地使用权变更登记。
第四十三条土地使用权抵押期间，土地使用权依法发生转让的，当事人应当持抵押权人同意转让的书面证明、转让合同及其他相关证明材料，申请土地使用权变更登记。
已经抵押的土地使用权转让后，当事人应当持土地权利证书和他项权利证明书，办理土地抵押权变更登记。
第四十四条经依法登记的土地抵押权因主债权被转让而转让的，主债权的转让人和受让人可以持原土地他项权利证明书、转让协议、已经通知债务人的证明等相关证明材料，申请土地抵押权变更登记。
第四十五条因人民法院、仲裁机构生效的法律文书或者因继承、受遗赠取得土地使用权，当事人申请登记的，应当持生效的法律文书或者死亡证明、遗嘱等相关证明材料，申请土地使用权变更登记。
权利人在办理登记之前先行转让该土地使用权或者设定土地抵押权的，应当依照本办法先将土地权利申请登记到其名下后，再申请办理土地权利变更登记。
第四十六条已经设定地役权的土地使用权转移后，当事人申请登记的，供役地权利人和需役地权利人应当持变更后的地役权合同及土地权利证书等相关证明材料，申请办理地役权变更登记。
第四十七条土地权利人姓名或名称、地址发生变化的，当事人应当持原土地权利证书等相关证明材料，申请姓名或者名称、地址变更登记。
第四十八条土地的用途发生变更的，当事人应当持有关批准文件和原土地权利证书，申请土地用途变更登记。
土地用途变更依法需要补交土地出让价款的，当事人还应当提交已补交土地出让价款的缴纳凭证。
⑧ 收回土地使用权后,地上建筑物怎么处置
按照现行法律法规，擅自改变土地用途的，应无偿收回国有土地使用权。由于地上建筑物的所有权与土地使用权具有不可分割性，收回国有土地使用权的同时，应一并收回地上建筑物，但应给予原所有权人适当补偿。
⑨ 根据物权法，土地使用权转让时,其地上建筑物、其他附着物所有权随之转让，如果有人恶意分别转让怎么办
楼主反映的是房地产方面的问题，我是学土地的，从房地产方面解答一下楼主的问题吧
住宅用地分为集体土地和国有土地，集体土地（即农民的宅基地）法律规定是不允许转让的，如果是集体土地住宅转让那就不受法律保护；楼主说的应该是国有土地上住宅的转让。
对于国有土地住宅，其实在物权法出台之前，我国的房地产方面法律就规定房地不可分割，必须同时转让。
A将房屋转让给B，根据法律规定，房屋价格中就包含了土地价格；像市场上出售的商品房3000元/平方米或者6000元/平方米，都是包含土地价格在内的房地产的售价。同时A又将土地转让给C，进行土地使用权转让时必须明确地上建筑物残值是否包含在内；如果买方只买土地使用权，则原房主应拆除房屋后转让土地或声明房屋不要钱了；否则土地价格就是包含了房屋残值在内的价格。总之一句话，地不离房，房不离地，房地产不可分割，必须同时转让。
案例中A却将房地产分割开来，涉嫌将房屋和土地卖出两次，应属于诈骗行为。如B、C都不知情，则都属于受害者，可以要求法院追究A的诈骗罪，讨回自己的损失。
关于应保护B、C中谁的利益，如果不是同一天，则应保护先买的那个；但案中是同一天时间不分先后，法律应没有这方面的规定，具体要看法院协调吧