1. 增值稅專用發票丟失（丟失前未認證，且已超過抵扣期限）
已經超過抵扣期限，肯定是不能再抵扣了，全額記如原材料成本。你可以按照增值稅專用發票管理辦法，去銷貨方辦理已報稅證明單、復印發票存根聯作為記賬憑證附件，但不能認證抵扣進項稅額，僅僅只能作為企業所得稅稅前扣除依據，否則，不能進行所得稅稅前扣除。
2. 增值稅專用發票超過認證期限未認證該怎麼處理
增值稅專用發票超過認證期（180天）未認證，不能再認證抵扣進項稅額，也不能開具紅字發票，可以將價稅合計一起計入成本費用。
3. 增值稅專用發票超過認證期限怎麼辦
國家稅務總局公告2011年第50號關於逾期增值稅扣稅憑證抵扣問題的公告 為保障納稅人合法權益，經國務院批准，現將2007年1月1日以後開具的增值稅扣稅憑證未能按照規定期限辦理認證或者稽核比對（以下簡稱逾期）抵扣問題公告如下：
一、對增值稅一般納稅人發生真實交易但由於客觀原因造成增值稅扣稅憑證逾期的，經主管稅務機關審核、逐級上報，由國家稅務總局認證、稽核比對後，對比對相符的增值稅扣稅憑證，允許納稅人繼續抵扣其進項稅額。
增值稅一般納稅人由於除本公告第二條規定以外的其他原因造成增值稅扣稅憑證逾期的，仍應按照增值稅扣稅憑證抵扣期限有關規定執行。
本公告所稱增值稅扣稅憑證，包括增值稅專用發票、海關進口增值稅專用繳款書和公路內河貨物運輸業統一發票。
二、客觀原因包括如下類型：
（一）因自然災害、社會突發事件等不可抗力因素造成增值稅扣稅憑證逾期；
（二）增值稅扣稅憑證被盜、搶，或者因郵寄丟失、誤遞導致逾期；
（三）有關司法、行政機關在辦理業務或者檢查中，扣押增值稅扣稅憑證，納稅人不能正常履行申報義務，或者稅務機關信息系統、網路故障，未能及時處理納稅人網上認證數據等導致增值稅扣稅憑證逾期；
（四）買賣雙方因經濟糾紛，未能及時傳遞增值稅扣稅憑證，或者納稅人變更納稅地點，注銷舊戶和重新辦理稅務登記的時間過長，導致增值稅扣稅憑證逾期；
（五）由於企業辦稅人員傷亡、突發危重疾病或者擅自離職，未能辦理交接手續，導致增值稅扣稅憑證逾期；
（六）國家稅務總局規定的其他情形。
三、增值稅一般納稅人因客觀原因造成增值稅扣稅憑證逾期的，可按照本公告附件《逾期增值稅扣稅憑證抵扣管理辦法》的規定，申請辦理逾期抵扣手續。
四、本公告自2011年10月1日起執行。
特此公告。
4. 增值稅發票抵扣聯丟失並過了認證期限，怎麼解決
納稅人增值稅專票未認證發生丟失，且超過認證期限，應先取得記賬聯復印件及銷售方主管稅務機關出具的《證明單》，然後按照《逾期增值稅扣稅憑證抵扣管理辦法》的規定申請辦理逾期抵扣手續）。
《國家稅務總局關於簡化增值稅發票領用和使用程序有關問題的公告》（國家稅務總局公告2014年第19號
）規定：
「三、簡化丟失專用發票的處理流程一般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，購買方可憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯復印件及銷售方主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》或《丟失貨物運輸業增值稅專用發票已報稅證明單》（附件1、2，以下統稱《證明單》），作為增值稅進項稅額的抵扣憑證；如果丟失前未認證的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯復印件進行認證，認證相符的可憑專用發票記賬聯復印件及銷售方主管稅務機關出具的《證明單》，作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。專用發票記賬聯復印件和《證明單》留存備查。」
《國家稅務總局關於逾期增值稅扣稅憑證抵扣問題的公告》（國家稅務總局公告2011年第50號）規定：
「一、對增值稅一般納稅人發生真實交易但由於客觀原因造成增值稅扣稅憑證逾期的，經主管稅務機關審核、逐級上報，由國家稅務總局認證、稽核比對後，對比對相符的增值稅扣稅憑證，允許納稅人繼續抵扣其進項稅額。
增值稅一般納稅人由於除本公告第二條規定以外的其他原因造成增值稅扣稅憑證逾期的，仍應按照增值稅扣稅憑證抵扣期限有關規定執行。
二、客觀原因包括如下類型：
（一）因自然災害、社會突發事件等不可抗力因素造成增值稅扣稅憑證逾期；
（二）增值稅扣稅憑證被盜、搶，或者因郵寄丟失、誤遞導致逾期；
（三）有關司法、行政機關在辦理業務或者檢查中，扣押增值稅扣稅憑證，納稅人不能正常履行申報義務，或者稅務機關信息系統、網路故障，未能及時處理納稅人網上認證數據等導致增值稅扣稅憑證逾期；
（四）買賣雙方因經濟糾紛，未能及時傳遞增值稅扣稅憑證，或者納稅人變更納稅地點，注銷舊戶和重新辦理稅務登記的時間過長，導致增值稅扣稅憑證逾期；
（五）由於企業辦稅人員傷亡、突發危重疾病或者擅自離職，未能辦理交接手續，導致增值稅扣稅憑證逾期；
（六）國家稅務總局規定的其他情形。」
根據以上文件規定，如果納稅人增值稅專票未認證發生丟失，且超過認證期限，應先取得記賬聯復印件及銷售方主管稅務機關出具的《證明單》，然後按照《逾期增值稅扣稅憑證抵扣管理辦法》的規定申請辦理逾期抵扣手續）。
5. 增值稅發票抵扣聯丟失並過了認證期限怎麼解決
用發票聯價稅合計計入購入商品或材料的成本，還要給國稅局寫個具體的某某發票不能如期驗證及抵扣的說明，因為不告知稅務的話，時間長了，他們是會知道並過問的。
6. 增值稅專用發票認證抵扣期限過了怎麼辦
增值稅專用發票超過了自開票日期180天的，就不能再抵扣進項稅款了，屬於內滯留票，滯留票要寫出詳容細的滯留原因，無正當理由不抵扣進項稅的要補交滯留票中所含的稅金及滯納金，情節嚴重的有可能還要停止使用增值稅專用發票，交回金稅盤。
7. 增值稅發票丟失且已超過180的認證期限,如何補救
很遺憾地告訴你沒辦法補救了。增值稅專用發票的認證期限為180天，丟失增值稅專用發票的本來可以憑銷方主管國稅機關出具的已報稅證明單和記帳聯復印件認證抵扣，由於你現在已超過180天所以是不能再認證了。而未認證的發票想要退回開紅字發票沖了重新開票的話也必須在180天內辦理，所以你說的情況確實沒辦法補救了，只有憑銷方主管國稅機關出具的已報稅證明單和記帳聯復印件作帳務處理，進項稅全部計入成本了。
8. 購貨方把增值稅專用發票丟失了，已超過認證期限，應怎麼處理
這個有點麻煩也 那應該當月就給你們講 你們當月就可以作廢
跨月了 還超期 你只有去找你單位的稅務專管員 看能不能打份紅票來沖銷
要打紅票申請表 專管員要批 才能開紅票來沖
我們這面是這樣 不曉得你們那面是不是一樣
僅供參考
9. 增值稅專用發票遺失超過認證期限的購買方怎麼入賬
一般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》（附件5），經購買方主管稅務機關審核同意後，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證；如果丟失前未認證的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯復印件到主管稅務機關進行認證，認證相符的憑該專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意後，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。
由於在寄出的途中丟失了，應當屬於丟失前未認證增值稅專用發票，因此，購買方（客戶）憑銷售方（貴公司）提供的相應專用發票記賬聯復印件到主管稅務機關進行認證，認證相符的憑該專用發票記賬聯復印件及銷售方（貴公司)所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方(客戶）主管稅務機關審核同意後，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。
10. 增值稅專用發票超過認證期限未抵扣如何處理
根據國家稅務總局公告［2011］第050號《關於逾期增值稅扣稅憑證抵扣問題的公告》的規定：對增值稅一般納稅人發生真實交易但由於客觀原因造成增值稅扣稅憑證逾期的，經主管稅務機關審核、逐級上報，由國家稅務總局認證、稽核比對後，對比對相符的增值稅扣稅憑證，允許納稅人繼續抵扣其進項稅額。增值稅一般納稅人由於除本公告第二條規定以外的其他原因造成增值稅扣稅憑證逾期的，仍應按照增值稅扣稅憑證抵扣期限有關規定執行。
客觀原因包括如下類型：（一）因自然災害、社會突發事件等不可抗力因素造成增值稅扣稅憑證逾期；（二）增值稅扣稅憑證被盜、搶，或者因郵寄丟失、誤遞導致逾期；（三）有關司法、行政機關在辦理業務或者檢查中，扣押增值稅扣稅憑證，納稅人不能正常履行申報義務，或者稅務機關信息系統、網路故障，未能及時處理納稅人網上認證數據等導致增值稅扣稅憑證逾期；（四）買賣雙方因經濟糾紛，未能及時傳遞增值稅扣稅憑證，或者納稅人變更納稅地點，注銷舊戶和重新辦理稅務登記的時間過長，導致增值稅扣稅憑證逾期；（五）由於企業辦稅人員傷亡、突發危重疾病或者擅自離職，未能辦理交接手續，導致增值稅扣稅憑證逾期；（六）國家稅務總局規定的其他情形。
因此，若你公司逾期未認證抵扣的原因屬於公告所述的客觀原因，可向其主管稅務機關申請抵扣進項稅額。但如果你公司是由於疏忽導致發票逾期未認證，不屬於公告所述的客觀原因，則此發票不得抵扣，只能由公司承擔此損失，公司有權向直接責任人追償。