A. 國家什麼時候開始關注知識產權
2007年11月17日，中國最高人民法院篩選出了100件的知識產權司法保護典型案例，公布於眾。專最高人民法院的負屬責人表示，「這100件典型案例是從改革開放30年來最高法院審理的案件和各高級人民法院推薦的地方法院案例的基礎上篩選出來的。」在這100件案件中，有由最高人民法院審理的北京嘉裕東方葡萄酒有限公司訴中國糧油食品（集團）有限公司、原審被告南昌開心糖酒副食品有限公司等商標侵權糾紛上訴案等典型案例50件；有由全國地方法院審理的北京秀水街服裝市場有限公司訴法國香奈兒股份有限公司及原審被告黃善旺侵犯注冊商標專用權糾紛上訴案等50件知識產權司法保護典型案例。其中涉及的內容有專利案件的、有商標案件的、有涉及著作權案件的、有涉及不正當競爭的民事案件、有行政案件以及刑事案件等等的不同類型的案例。
這些案件有的曾在社會上引起過轟動，具有重大的社會影響；有些案件填補了法律的空白，推動了知識產權法制的進程，具有重大的法律意義。同時最高人民法院的負責人說，更為重要的是，這100件案件的審理結果都很好地實現了法律效果和社會效果的統一，具有很強的指導意義和示範價值。因此，很有必要拿出來讓公眾借鑒、參考和閱讀。
B. 具有重大社會影響的案件應受刑法處罰為什麼不對
如果最後認定為無罪，就不需要處罰了。
C. 哪些案件對社會有重大影響
「彭宇案」跌倒老人扶不扶。
「李剛案」我爸其實是李剛。
「葯家鑫案」撞人後連捅八刀。
此外,趙作海故意殺人案，李庄妨害作證案，高曉林交通肇事案，李家危險方法危害公共安全案。
D. 知識產權的侵犯對個人和社會有什麼影響
知識產權，也稱其為「知識財產權」，指「權利人對其所創作的智力勞動成果所享有的財產權利」，一般只在有限時間期內有效。各種智力創造比如發明、文學和藝術作品，以及在商業中使用的標志、名稱、圖像以及外觀設計，都可被認為是某一個人或組織所擁有的知識產權。據斯坦福大學法學院的Mark Lemley教授，廣泛使用該術語「知識產權」是一個在1967年世界知識產權組織成立後出現的。（最近一段時間部分互聯網公司如：騰訊、阿里等，也將其簡稱為IP）
知識產權是關於人類在社會實踐中創造的智力勞動成果的專有權利。隨著科技的發展，為了更好保護產權人的利益，知識產權制度應運而生並不斷完善。如今侵犯專利權、著作權、商標權等侵犯知識產權的行為越來越多。17世紀上半葉產生了近代專利制度；一百年後產生了「專利說明書」制度；又過了一百多年後，從法院在處理侵權糾紛時的需要開始，才產生了「權利要求書」制度。在二十一世紀，知識產權與人類的生活息息相關，到處充滿了知識產權，在商業競爭上我們可以看出他的重要作用。
對侵權人的影響：可能承擔民事責任，行政責任，甚至刑事責任。
對權利人的影響：自身的智力成果被竊取而無收益，打擊創作及發明的積極性。
對社會而言：在法律明令保護情況下，侵權成風是對司法系統、執法系統權威的踐踏，破壞了法治環境，尤其是對知識產權的侵犯，導致對智力成果保護的忽視，進而影響整個國家和民族的創新能力。
E. 案子是侵犯知識產權類的案件，可以不公開審理嗎
不公開審理的案件：1、涉及國家秘密的案件；2、涉及個人隱私的回案件；3、十四歲答以上不滿十六歲未成年人犯罪的案件；經人民法院決定不公開審理的十六歲以上不滿十八歲未成年人犯罪的案件；4、經當事人申請，人民法院決定不公開審理的涉及商業秘密的案件；5、經當事人申請，人民法院決定不公開審理的離婚案件；6、法律另由規定的其他不公開審理的案件。
法律依據：《刑事訴訟法》第一百八十三條 人民法院審判第一審案件應當公開進行。但是有關國家秘密或者個人隱私的案件，不公開審理；涉及商業秘密的案件，當事人申請不公開審理的，可以不公開審理。
不公開審理的案件，應當當庭宣布不公開審理的理由。
F. 知識產權的侵權行為及對社會的影響
就象一個普通的偷盜行為，把別人辛苦生產的財富，他
偷偷的
拿著去消費了。社會影響：讓人以為不用付出就能享受美好生活。
G. 知識產權的侵權現象及對社會的影響
目前在我國出現的知識產權侵權領域和形式可謂五花八門。網吧、網站經營企業未經許可下載內、編輯影視作品容供網民觀看，為網民在線非法下載影視作品提供服務。印刷企業未經著作權人、商標權人許可，在印刷包裝製品時使用他人文字、美術作品或商標。廣告企業或廣告主未經著作權人許可，在製作廣告時使用他人攝影圖片。音像、書籍零售商或個人銷售未經著作權人許可的盜版碟片、書籍等。計算機軟體開發、銷售企業未經著作權人許可，銷售盜版游戲軟體，或發表、使用與其相同或近似的軟體作品等。自我國加入世貿組織以來，國內企業因涉外知識產權糾紛引起的經濟賠償累計已超過10億美元。1998年至2004年，全國法院共審理知識產權民事一審案件達38228件。以中國馳名商標「長城」葡萄酒為例，僅山東一地生產銷售帶有「長城」字樣標識葡萄酒的廠家就有30多家。目前到國家商標局申請注冊帶有「長城」字樣，與「長城」商標近似的商標標識就達170多個。知識產權的侵權社會的影是惡劣的，不僅傷害權益人的利益，也欺騙廣大公眾，敗壞社會風氣。
H. 知識產權犯罪案件的案件來源有哪些
從中國知識產權刑事保護論壇上了解到，當前侵犯知識產權犯罪呈現出七大特點：
一、案件總量上升,涉案金額增大。2002年至2004年上半年，侵犯知識產權犯罪案件的數量比前些年有所下降，但個案造成的損失卻越來越大。
二、侵犯商標專用權案件最為突出。1998年至2003年，全國公安機關共立此類案件近5000起，占侵犯知識產權犯罪案件立案總數的80%，涉案金額超過12億元，占侵犯知識產權犯罪案件涉案總額的64%。其中通過假冒馳名商標獲取暴利成為一個顯著特點。
三、侵犯商業秘密案件增長較快。有些企業人員將自己掌握的原單位商業秘密提供給新單位；有些企業不惜以重金收買有關人員，將他人商業秘密據為己有；甚至還有不法分子以應聘方式竊取核心商業秘密後，另起爐灶。1998年至2003年，全國公安機關共立侵犯商業秘密案超過500起，占侵犯知識產權犯罪案件立案總數的9%，涉案金額6億元，占侵犯知識產權犯罪案件涉案總額的32%。
四、部分地區犯罪情況較為嚴重。從全國范圍來看，東部沿海地區比中西部地區情況嚴重；從局部地區來看，也是經濟發達地區比經濟欠發達地區嚴重。
關鍵詞：廣州知識產權調查,深圳知識產權調查,佛山知識產權調查保護,中山知識產權調查保護,珠海知識產權調查保護
五、侵犯知識產權犯罪案件涉及面廣，專業化、科技化趨勢日漸明顯。侵犯知識產權犯罪涉及面廣，並正在向電信、技術市場、人才市場、電子商務等新興經濟領域滲透。現已出現利用網路侵犯商業秘密、侵犯新型科技產品、假冒液晶屏、仿冒激光全息標志等智能化、科技化水平較高的案例，表明侵犯知識產權犯罪正在向專業化明顯、科技含量高的犯罪形態發展。
六、犯罪嫌疑人的作案手法隱蔽、狡猾。作案很少是在「小作坊」中進行，而是成員等級分明、分工明確並形成「產、供、銷」一條龍，化整為零、流動生產、遙控指揮、組織嚴密、裝備精良，反偵查意識越來越強。
七、跨國（境）犯罪突出。一些境外不法分子通過向境內不法分子下定單或者自己在內地開辦工廠的方式，生產假冒商品後，再運送至境外銷售。
I. 知識產權侵權案件
遼寧省大連市中級人民法院
民 事 判 決 書
（2013）大民四終字第50號
上訴人（原審被告）大連某某大學，住所地遼寧省大連市甘井子區凌水街道凌海路1號。
法定代表人王祖某，校長。
委託代理人劉接某，男，1971年5月25日生，漢族，該校教師，住遼寧省大連市甘井子區凌水路清恬園14號2-2-1。
委託代理人吳珊某，遼寧斐然律師事務所律師助理。
被上訴人（原審原告）北京某某方舟信息技術股份有限公司，住所地北京市海淀區車公庄西路甲19號華通大廈A座六層。
法定代表人田某，董事長。
委託代理人李某，女，1979年1月11日生，漢族，該公司部門經理，住遼寧省大連市沙河口區錦霞北園18號4-4-1。
委託代理人胡建某，北京市中創律師事務所律師。
上訴人大連某某大學因與被上訴人北京某某方舟信息技術股份有限公司（以下簡稱某某方舟公司）計算機軟體開發合同糾紛一案，不服大連市西崗區人民法院（2011）西民初字第2145號民事判決，向本院提起上訴。本院於2013年5月29日立案受理後依法組成合議庭，公開開庭審理了本案。上訴人大連某某大學的委託代理人劉接某、吳珊某，被上訴人某某方舟公司的委託代理人李某、胡建某到庭參加訴訟。本案現已審理終結。
某某方舟公司原審訴稱，我公司與大連某某大學於2007年10月10日簽訂《合作協議》，大連某某大學委託我公司完成航道遙測遙控系統應用軟體的開發等工作。我公司按約定完成了軟體開發並將成果交付給大連某某大學，該軟體已於2010年9月20日通過驗收。大連某某大學未按約定付款，應承擔違約責任。請求判令大連某某大學支付軟體開發費用20萬元及逾期付款的利息損失（2010年9月20日起計算至付款之日止，按照中國人民銀行規定的同類貸款的同期利率計算）。
大連某某大學原審辯稱，不同意某某方舟公司的訴訟請求。一、雙方簽訂的《合作協議》的附件技術規格書第5條約定「系統驗收時某某方舟公司應提交完整的系統功能軟體及其源代碼」，但某某方舟公司至今未履行該項合同義務，我校不得已自行組織工作人員完成相關工作，故我校無義務支付剩餘款項。二、2010年9月20日的驗收是對我校負責的整個項目的驗收，而非對某某方舟公司開發軟體的驗收，通過驗收不等於其交付的軟體合格。
原審法院經審理查明，2007年9月30日，大連某某大學作為受託方之一與案外人長江南京航道局簽訂《技術開發（委託）合同》，接受該航道局的委託對長江南京至瀏河口段某某航道與智能航運建設示範工程網路設備購置、集成與應用軟體開發標段施工。2007年10月10日，大連某某大學作為甲方、某某方舟公司作為乙方，就乙方協助甲方開發上述標段（簡稱SZHD-04標段）的部分項目一事簽訂《合作協議》。該協議約定：1、甲方同意與乙方相互協作完成SZHD-04標段合同文件中的以下主要內容：（1）航標遙測遙控系統應用軟體的開發；（2）航標遙測遙控系統應用軟體的安裝、調試；（3）航標遙測遙控標準的編制；（4）對用戶進行相關的技術培訓。2、甲方的權利和義務：（1）負責整個項目以及與業主、關聯單位的協調和管理工作；（2）負責向乙方提供SZHD-04標段合同中與協作項目有關的內容；（3）負責向乙方提供項目開發過程中所需的關聯單位的技術資料和測試產品；（4）負責向乙方提供詳細、准確的協作項目的技術規格書，並經雙方簽署；（5）負責向乙方提供項目協作開發費用40萬元整，並在甲方驗收合格後支付。3、乙方的權利和義務：（1）乙方應嚴格按照甲方的要求組織人員進行研發協助工作；（2）乙方應統一服從甲方的項目管理和調度；（3）乙方保證協作項目要完全達到SZHD-04標段合同和雙方簽署的技術規格書的要求；（4）乙方保證在本協議約定的時間內完成協作項目。4、甲、乙方協作完成本協議規定項目內容的時間為SZHD-04標段合同開工後的三個月。5、協作項目的驗收標准為SZHD-04標段合同和雙方簽署的技術規格書。6、違約責任：（1）乙方如未按照本協議的約定完成協作項目，甲方可不予支付本協議所規定的款項……（3）甲方如未按照本協議規定支付協作費用的，乙方有權按實際損失向甲方追索違約金。……10、本協議自甲乙雙方代表簽字之日起生效。該協議的附件技術規格書第5條「系統開發計劃」規定「系統開發周期為2007年10月1日至2008年2月28日。系統採用分階段驗收與竣工驗收相結合的方式。……（5）1月10日前，完成系統全部功能。（6）2月10日前，完成系統全部功能的現場測試工作，階段驗收，交付使用。（7）2月20日，系統驗收。驗收時提交如下材料與文檔：a、完整的系統功能軟體及其源代碼；b、系統開發文檔，包括需求分析、概要設計、詳細設計、測試計劃及測試報告等；c、使用手冊（含聯機幫助）。（8）2月28日，系統竣工驗收。」甲、乙雙方代表均在協議上簽字。2008年1月10日，某某方舟公司按照約定完成了系統全部功能。2008年1月15日，大連某某大學向某某方舟公司支付項目協作開發費用20萬元。大連某某大學以「某某方舟公司未提供系統功能軟體的源代碼」為由未按照約定於2008年2月28日進行竣工驗收，並至今未付剩餘20萬元開發費用。
2008年12月31日，某某方舟公司的職員王勇給大連某某大學項目負責人王德強發送電子郵件一封，內容為「王老師：您好，這是南京項目的最新源碼，請查收……」，該郵件的附件是一個名為「航標業務系統（源碼）081230.rar（4.7M）」的壓縮包。2010年1月19日，王德強給王勇發送電子郵件一封，內容為「王經理：您好。交通部擬在2月末或3月初進行長江南京某某航道項目的竣工驗收，現楊老師已到南京准備驗收材料。因貴公司所承擔的航標通信模塊和業務管理系統的源代碼一直沒有提交給我方，給我方和貴方的信譽造成了影響。希望貴司能夠按照我們雙方的協議提交全部源代碼，以免影響項目的竣工驗收和付款。」次日，王勇給王德強回復郵件一封，內容為「1、關於源碼，我們公司在2008年12月31日星期三16:19發到了您在雅虎的郵箱中，當時的原因是交通部驗收工作，之後驗收成功。2、2009年每次詢問關於20萬餘款回款的問題，您都說驗收結束，等待南京的審計工作，對於我們來講，在該項目上的培訓、驗收工作已經結束。3、我們目前在堅持做售後服務工作……4、請貴方將項目餘款20萬元結賬，以支持我方在該項目上的售後服務工作，不然我方將無力支持該項目的售後服務工作，屆時後果自負。5、關於20萬項目餘款的結賬日期，請給我方一個明確的答復。」2010年2月2日，王德強給王勇發送電子郵件一封，內容為「王經理：您好。南京某某航道項目將於2月28日完成交工驗收並運行一周年，交通部擬在三月初舉行南京某某航道項目的竣工驗收會。特此告知。」在該封郵件中，大連某某大學未再提到源代碼一事。訴訟中，大連某某大學不認可某某方舟公司職員王勇於2008年12月31日發送給王德強的「航標業務系統（源碼）081230.rar（4.7M）」系雙方合同約定的航標遙測遙控系統應用軟體的源代碼。
另查，2010年9月20日，長江南京至瀏河口段某某航道與智能航運示範工程通過了交通運輸部的竣工驗收。
原審法院認定的上述事實，有《技術開發（委託）合同》、《合作協議》及其附件技術規格書、（2011）京中信內經證字20678號公證書、銀行電匯憑證、記賬憑證及當事人陳述筆錄等證據材料在案為憑。
原審法院認為，當事人應當按照約定全面履行自己的義務，當事人一方履行合同義務不符合約定的，應當承擔繼續履行、賠償損失等違約責任。當事人一方未支付價款或者報酬的，對方可以要求其支付價款或者報酬，給對方造成損失的，損失賠償額應當相當於因違約所造成的損失。本案中，雙方簽訂的《合作協議》系雙方當事人的真實意思表示，不違反法律及行政法規的強制性規定，該協議合法有效。某某方舟公司已經完成開發任務，大連某某大學理應按照約定履行支付開發費用的義務。雙方約定的開發費用為40萬元，大連某某大學在支付20萬元之後，剩餘的開發費用至今未付，已經構成違約，應當按照約定繼續履行支付剩餘20萬元開發費用的義務。大連某某大學逾期付款還給某某方舟公司帶來了相應的利息損失，故某某方舟公司要求大連某某大學支付軟體開發費用20萬元及逾期付款的利息損失（2010年9月20日起計算至付款之日止，按中國人民銀行同期同類貸款利率計算）的訴訟請求，原審法院予以支持。大連某某大學提出「某某方舟公司至今未履行合同約定的『系統驗收時某某方舟公司應提交完整的系統功能軟體及其源代碼』義務，其自行組織工作人員完成相關工作」以及「2010年9月20日的驗收是對其負責的整個項目的驗收，而非對某某方舟公司開發的軟體的驗收。驗收通過不等於某某方舟公司交付的軟體合格」的抗辯意見，因大連某某大學委託某某方舟公司完成的航道遙測遙控系統應用軟體的開發屬於其負責的整個項目的組成部分，如果該部分未通過驗收，整體工程也不可能通過驗收。某某方舟公司也已舉證證明其向大連某某大學提供了項目的源代碼，而大連某某大學並未提供相反證據證明某某方舟公司交付的軟體不合格、源代碼非合同約定的源代碼，也未提供證據證明自行組織工作完成相關工作，故對大連某某大學的上述抗辯意見，原審法院不予支持。
綜上，原審法院依據《中華人民共和國合同法》第六十條、第一百零七條、第一百零九條、第一百一十二條、第一百一十三條，《中華人民共和國民事訴訟法》第六十四條、《最高人民法院關於民事訴訟證據的若干規定》第二條之規定，判決如下：「被告大連某某大學於本判決生效之日起十日內支付原告北京某某方舟信息技術股份有限公司軟體開發費用20萬元及逾期付款的利息損失（自2010年9月20日起計算至被告付款之日止，按照中國人民銀行規定的同類貸款的同期利率計算）。如被告未按本判決指定的期間履行給付金錢義務，應當按照《中華人民共和國民事訴訟法》第二百二十九條之規定，加倍支付遲延履行期間的債務利息。案件受理費7 370元（原告已預交），由被告大連某某大學負擔4 300元，由原告北京某某方舟信息技術股份有限公司負擔3 070元。」
宣判後，大連某某大學不服原審判決，向本院提起上訴，請求撤銷原判，發回重審或改判駁回被上訴人的訴訟請求。理由如下：首先，某某方舟公司的合同義務包括航標遙測遙控系統應用軟體的開發、安裝、調試、編制和技術培訓，其應在2008年2月20日交付完整的系統功能軟體及其源代碼，其交付的技術成果必須經第三方的功能和技術指標測試並由雙方在系統驗收單上簽字確認。某某方舟公司既沒有在合同約定的時間內交付功能軟體和源代碼等文檔，也未通過第三方的功能和技術指標測試。原審法院僅查明某某方舟公司以郵件方式遞交源代碼的事實，而沒有審查某某方舟公司是否履行了其他合同義務，並就此認定其履行了全部合同義務並判令大連某某大學支付款項證據不足，且與事實不符。其次，某某方舟公司交付的源代碼並不符合要求。某某方舟公司僅提供電子郵件證明其交付源代碼，並未證明附件中的內容是否為合同約定的源代碼以及該源代碼是否符合技術指標和功能指標，也未證明驗收合格，且大連某某大學對其交付的源代碼並未認可。最後，對合同是否履行發生爭議的，由負有履行義務的當事人承擔舉證，原審法院認為大連某某大學不認可某某方舟公司提供的源代碼系合法源代碼但沒有提供證據證明屬適用法律錯誤。
某某方舟公司答辯稱，原審判決認定事實清楚，適用法律准確，判決正確，應當依法駁回上訴人的上訴請求。具體理由如下：一、大連某某大學稱某某方舟公司開發的軟體不合要求，採用了他人開發的軟體，卻未提交任何證據，也與其在電子郵件中的表述相矛盾。二、大連某某大學否認收到了源代碼是為其賴掉20萬元後期款製造借口，某某方舟公司已經完全履行合同義務。三、原審判決對雙方舉證責任的分配合法。被上訴人的證據已經足夠，無需進一步舉證，大連某某大學應當舉出足以推翻現有證據的相反證據，否則應承擔不利後果。四、原審判決對雙方公平合理，可以實現雙方簽訂合同的目的。
本院經審理對原審判決查明的事實予以確認。
二審審理過程中，上訴人向本院提交了如下證據材料：
證據1、技術開發（委託）合同，證明整個項目的金額是1192萬元，某某方舟公司負責的部分僅佔全部項目的3.3%，整個項目的驗收合格不代表某某方舟公司負責的項目合格，而且大連某某大學有能力自行完成案涉軟體的開發；
證據2、源程序光碟，系大連某某大學自身完成，證明驗收項目並未採用某某方舟公司提供的源程序，整個項目的驗收通過並不證明某某方舟公司交付的源程序驗收合格；
證據3、（2013）大證民字第41591號公證書，內容為2008年11月25日大連某某大學已經明確要求某某方舟公司提交由其負責的通信和業務系統源代碼，2009年2月15日再次要求其提交源代碼，證明大連某某大學不認可某某方舟公司提交的源代碼；
證據4、司法鑒定意見書，證明某某方舟公司提交的源代碼不符合合同要求。
某某方舟公司對上述證據的質證意見如下：不同意對大連某某大學二審開庭後提交的所謂新證據進行質證。一、上述證據與一審查明的事實不符，也與其之前的說法相互矛盾，是偽造的證據；二、這些證據與本案沒有關聯性，是大連某某大學單方的事情，與雙方合同履行與否無關；三、上述證據已超過了舉證期限，且不屬於法律規定的新證據。
本院對上述證據的認證意見如下：證據1系大連某某大學與長江南京航道局簽訂的《技術開發（委託）合同》，大連某某大學在一審中已經提交該證據並被原審法院採信，不應在二審中再次提交，故本院對該證據不予重復認定。證據2系本院在二審庭審過程中為查明案件事實要求大連某某大學在指定期限內提交的關於其自行研發案涉軟體的相關證據，但由於該證據為電子數據光碟，具有容易修改且無痕跡的特點，無法核實其真實性，某某方舟公司對該證據不予認可，而且該軟體成果本身不能證明其研發主體情況，故本院對該證據不予採信。證據3中的郵件已經履行了公證程序，其真實性應予認定，郵件內容系案件雙方當事人關於案涉軟體交付問題的溝通，與本案具有關聯性，故本院予以採信。證據4雖系二審庭審結束後提交，但大連某某大學在一審審理過程中已經提交鑒定申請書，後被本院司法技術處以沒有適格鑒定機構為由拒收，由於該司法鑒定意見書系大連某某大學自行委託鑒定機構出具的鑒定結論，在鑒定過程中對於鑒定材料即王德強電子郵箱於2008年12月31日收到的「航標業務系統源碼」電子文件的輸出電腦未做過清潔度檢查，無法認定該檢材來源的客觀真實性，故本院對該證據亦不予採信。
本院另查明，2008年11月25日，大連某某大學的王德強給某某方舟公司的王勇發送電子郵件一封，內容為「您好。前期發來的（通信和業務系統）源代碼不完整，缺工程文件、解決方案文件等，請王經理與今天中午前發給我，以便提交給用戶。現在驗收材料就差這兩部分源代碼沒有提交，這樣勢必要影響驗收前的軟體系統專家測評會的召開，從而影響驗收進程。請王經理配合做好源代碼的提交。」2009年2月15日，王德強給王勇發送電子郵件一封，內容為「王經理：您好。南京航道局已定在2月26、27日召開某某航道項目的專家評審會和進行工程驗收，通知已發。請王經理將航標業務和通信最新完整的源代碼於17日前發給我，以供用戶（監理）驗收。另請王經理安排汪波於25日到南京報道。謝謝。」2009年2月23日，王德強給王勇發送電子郵件一封，內容為「王經理，您好，附件是26日應用軟體系統開發質量測評會議程，27日交工驗收議程，請王經理收悉。此次驗收關系重大，請王經理以大局為重，出現差錯你我都承擔不起。希望我們都善始善終，盡快安排汪波到現場，把此次驗收工作做好。」
本院於2013年7月15日向大連某某大學的項目負責人王德強進行了詢問。王德強認可通過驗收的航標遙測遙控系統應用軟體使用了某某方舟公司開發的界面，且其從未將自行研發案涉軟體的相關情況告知某某方舟公司。
本院認為，某某方舟公司與大連某某大學就航標遙測遙控系統應用軟體開發事宜簽訂的《合作協議》是雙方當事人的真實意思表示，不違反法律及行政法規的相關規定，雙方應按照約定全面履行自己的義務。
本案的爭議焦點是某某方舟公司是否已經全面履行了案涉軟體開發義務，某某方舟公司對該節事實承擔舉證責任。根據某某方舟公司提交的雙方往來電子郵件公證書的內容，其已於2008年12月31日將最新的「航標業務系統源碼」電子文件發送給大連某某大學的項目負責人，直至2010年1月還在堅持做售後服務工作，大連某某大學的項目負責人於2009年9月23日要求某某方舟公司安排人員參加26日的應用軟體系統開發質量測評會和次日的交工驗收，並於2010年2月2日邀請某某方舟公司的王經理參加南京某某航道項目的竣工驗收會，結合2010年9月20日長江南京至瀏河口段某某航道與智能航運示範工程通過交通部竣工驗收的事實，可以認定某某方舟公司已經交付了航標遙測遙控系統應用軟體並通過驗收，已經完成了合同項下的主要義務。然而，舉證責任分配不是一成不變的，在某某方舟公司已初步完成了己方舉證責任的情況下，大連某某大學主張某某方舟公司未能全面履行合同義務，應當提供證據加以證明，否則應承擔不利後果。原審法院對舉證責任的分配並無不當，上訴人大連某某大學關於原審法院舉證責任分配屬適用法律錯誤的抗辯意見，本院不予採納。
大連某某大學主張某某方舟公司未能全面履行合同義務，主要理由是某某方舟公司既沒有在合同約定的時間內交付功能軟體和源代碼等文檔，也未通過第三方的功能和技術指標測試。關於項目交付時間問題，盡管《合作協議》附件《技術規格書》中規定於2008年2月20日進行系統驗收，但《合作協議》約定某某方舟完成項目完成時間為SZHD-04標段合同開工後三個月。鑒於案涉航標遙測遙控系統應用軟體為長江南京至瀏河口段某某航道與智能航運示範工程整體工程的一個子項目，項目完成時間受到整體項目進展程度的約束，某某方舟公司完成軟體開發工作需要大連某某大學提供所需的技術資料並服從大連某某大學的項目管理和調度，而且某某方舟公司提交最新源代碼的時間是2008年12月31日，其最初提交源代碼的時間早於這一時間，大連某某大學在2008年11月25日的郵件中亦予以認可。同時，大連某某大學在與某某方舟公司工作人員的溝通中從未對交付時間問題提出過異議，應當認定其對某某方舟公司履行期限予以認可，根據誠實信用原則，大連某某大學不得再以該理由拒絕支付開發費用。關於驗收問題，《合作協議》附件《技術規格書》中規定「由用戶指定的第三方對系統軟體的功能及技術指標進行測試，測試結果和檢查結果符合驗收條款要求時，雙方在系統驗收單上簽字確認」，盡管雙方當事人沒有在系統驗收單上簽字確認，但大連某某大學的代理人在二審庭審中明確表示只要第三方用戶滿意就認為驗收合格。而且，根據大連某某大學2009年2月15日和2009年2月23日的電子郵件內容，大連某某大學已經通知某某方舟公司派員參加南京航道局組織的整體項目驗收。因此，某某方舟公司承擔的子項目未經過簽字驗收的責任並不在於某某方舟公司，而整體項目通過竣工驗收可以認定該子項目的驗收合格。
大連某某大學抗辯稱通過驗收的項目系其自行組織人員研發的，但並未提供足夠證據予以證明。且從案件事實來看，《合作協議》約定大連某某大學在驗收合格後支付40萬元開發費用，而大連某某大學於2008年1月15日即某某方舟公司依約完成系統全部功能時已支付20萬元開發費用，在某某方舟公司反復催要剩餘開發費用時其從未提出過已放棄某某方舟公司開發的軟體而由其自行研發，也沒有向某某方舟公司提出終止或者解除合同的要求，反而於2009年和2010年仍然向某某方舟公司的工作人員發送電子郵件邀請其參加應用軟體系統開發質量測評會及南京某某航道項目的竣工驗收會，顯然有悖常理。並且，大連某某大學的項目負責人亦認可通過交通部驗收的案涉航標遙測遙控系統應用軟體使用了某某方舟公司設計的界面。因此，大連某某大學對於其主張的驗收項目系其自行研發的抗辯意見舉證不能，本院不予採納。
綜上所述，某某方舟公司依約履行了合同項下的義務，大連某某大學未支付剩餘費用的行為已構成違約，應當承擔支付價款並賠償損失的法律責任。大連某某大學的上訴理由缺乏事實根據和法律依據，本院不予採納。原審判決認定事實清楚，適用法律正確。依照《中華人民共和國民事訴訟法》第一百七十條第一款第（一）項之規定，判決如下：
駁回上訴，維持原判。
二審案件受理費4 300元（上訴人已預交），由上訴人大連某某大學負擔。
本判決為終審判決。