1. 工業企業轉讓土地使用權及其地上建築物，土地增值稅如何清算
土地增值稅是指來轉讓國有土地使自用權、地上的建築物及其附著物並取得收入的單位和個人，以轉讓所取得的收入包括貨幣收入、實物收入和其他收入為計稅依據向國家繳納的一種稅賦，不包括以繼承、贈與方式無償轉讓房地產的行為。納稅人為轉讓國有土地使用權及地上建築物和其他附著物產權、並取得收入的單位和個人。課稅對象是指有償轉讓國有土地使用權及地上建築物和其他附著物產權所取得的增值額。土地價格增值額是指轉讓房地產取得的收入減除規定的房地產開發成本、費用等支出後的余額。土地增值稅實行四級超額累進稅率。
2. 這法條如何理解：土地使用權轉讓時,其地上建築物、其他附著物所有權隨之轉讓。
這是抄一個亘古不滅的原則襲「地隨物走，物隨地走」。
土地使用權屬於誰，地上建築物就屬於誰，如果出現兩個權利主體，這就說明有錯誤了，不是土地局登記錯誤，就是房產局登記錯誤。但一般不會出現，開發商在拿地後，建造房屋，房屋建成後賣給小業主，就會申請製作小產證，屆時土地局和房產局會把土地、房屋的大產證分割後登記的。
我比較贊成上海市的作法，將房屋和土地行政管理部門合成一家，只製作房產權證，既包含土地權屬登記，也包含房屋權屬登記，不會搞錯。
上海市房屋土地資源管理局政策法規處
3. 第二十三條 土地使用權轉讓時，其地上建築物、其他附著物所有權隨之轉讓的解釋和細節說一下
住宅用地分為集體土地和國有土地，集體土地（即農民的宅基地）法律規定是不允回許轉讓的，答如果是集體土地住宅轉讓那就不受法律保護；對於國有土地住宅，其實在物權法出台之前，我國的房地產方面法律就規定房地不可分割，必須同時轉讓。這是一個亘古不滅的原則「地隨物走，物隨地走」。
土地使用權屬於誰，地上建築物就屬於誰，如果出現兩個權利主體，這就說明有錯誤了，不是土地局登記錯誤，就是房產局登記錯誤。但一般不會出現，開發商在拿地後，建造房屋，房屋建成後賣給小業主，就會申請製作小產證，屆時土地局和房產局會把土地、房屋的大產證分割後登記的。
4. 刑事案件非法轉讓土地使用權地上建築物怎麼算違法所得
根據《土地管理法》第73條的規定，買賣或者以其他形式非法轉讓土地的，由版縣級以上人民政府土地行政主權管部門沒收違法所得。而違法所得如何計算，實踐中要注意以下三個方面：一是違法所得是否包含土地本身，二是違法所得是否包含地上建築物的價值，三是違法所得是否包含轉讓方原取得用地的成本和開發用地的成本。全國人大法工委、原國家土地管理局針對湖北、廣東等地國土資源主管部門有關請示作出過明確答復，即違法所得不包含土地本身，也不包含地上建築物的價值（在土地與地上建築物同時轉讓時，應扣除地上建築物的價值部分），但轉讓方原取得用地的成本（如征地費用）和開發用地的成本（對土地的投入）不從違法所得中扣除。
5. 轉讓外購的土地使用權及地上建築物，可否差額交增值稅
不能，不屬差額征稅范圍
6. 根據物權法，土地使用權轉讓時,其地上建築物、其他附著物所有權隨之轉讓，如果有人惡意分別轉讓怎麼辦
樓主反映的是房地產方面的問題，我是學土地的，從房地產方面解答一下樓主的問題吧
住宅用地分為集體土地和國有土地，集體土地（即農民的宅基地）法律規定是不允許轉讓的，如果是集體土地住宅轉讓那就不受法律保護；樓主說的應該是國有土地上住宅的轉讓。
對於國有土地住宅，其實在物權法出台之前，我國的房地產方面法律就規定房地不可分割，必須同時轉讓。
A將房屋轉讓給B，根據法律規定，房屋價格中就包含了土地價格；像市場上出售的商品房3000元/平方米或者6000元/平方米，都是包含土地價格在內的房地產的售價。同時A又將土地轉讓給C，進行土地使用權轉讓時必須明確地上建築物殘值是否包含在內；如果買方只買土地使用權，則原房主應拆除房屋後轉讓土地或聲明房屋不要錢了；否則土地價格就是包含了房屋殘值在內的價格。總之一句話，地不離房，房不離地，房地產不可分割，必須同時轉讓。
案例中A卻將房地產分割開來，涉嫌將房屋和土地賣出兩次，應屬於詐騙行為。如B、C都不知情，則都屬於受害者，可以要求法院追究A的詐騙罪，討回自己的損失。
關於應保護B、C中誰的利益，如果不是同一天，則應保護先買的那個；但案中是同一天時間不分先後，法律應沒有這方面的規定，具體要看法院協調吧
7. 以出售方式轉讓國有土地使用權和地上建築物的需要交納哪些稅費
出售國有土地使用權和地上建築物需要繳納的稅種有：營業稅及附加、土地增值稅、印花稅、企業所得稅（根據公司的企業所得稅前利潤確定）等。
8. 土地使用權轉移地上建築物所有權是否隨之轉移
按照我國《房地產管理法》的相關規定，房屋所有權轉讓，及對應的土地使用權也就隨之轉移。
換句話說，也就是房隨地走，地隨房走。 房屋的所有權和土地的使用權是不能分開轉移的。
9. 小企業轉讓土地使用權，若土地使用權與地上建築物及其附著物一並在固定資產科目核算的，
這個計入固定資產清理科目。如果是房地產企業 就是營業稅金及附加，
希望回答對你有幫助，望採納謝謝